Daugelio vyriausybių, ypač JAV, reklama apie etanolį sukėlė daug ginčų. Jungtinėse Amerikos Valstijose, kur milijardai dolerių mokesčių mokėtojų pinigų išleidžiama subsidijoms etanoliui, ginčai tapo ypač aštrūs ir už jį slypi daugybė priežasčių. Daugelis susiveda į esminį ginčą dėl to, ar etanolis, ypač kukurūzų etanolis, iš tikrųjų yra toks stebuklingas, kaip žmonės teigia.
Kai kurie ekonomistai teigia, kad kai produktas turi savo privalumų, žmonės už jį sumokės, todėl subsidijos tampa nereikalingos. Etanolio gamybos subsidijavimas, nors ir netiesiogiai, kainuoja mokesčių mokėtojų pinigus, o kainos išlaikomos dirbtinai žemos, o ne leidžiamos jas nustatyti pagal tikrąją rinkos vertę. Ekonomistai, norintys plačiau propaguoti tvarią energiją, taip pat teigia, kad subsidijos etanoliui atima finansavimą iš kitų tvarios energijos šaltinių, įskaitant švaresnius, efektyvesnius ir lengviau gaunamus nei etanolis.
Etanolio subsidijos taip pat gali turėti įtakos didinant maisto kainas ir vykstančiose diskusijose dėl maisto ir degalų. Argumentas yra tas, kad ūkininkams brangiau kainuoja auginti pasėlius maistui, nes šie augalai yra mažiau subsidijuojami, o kainos perkeliamos vartotojams. Maisto pasiūlą taip pat mažina subsidijos etanoliui, remiantis šiuo argumentu, nes ūkininkai yra skatinami auginti javus etanoliui, todėl laukus, kurie kažkada buvo naudojami maistinėms kultūroms, jie nukreipia kukurūzų auginimui. Sumažėjus pasiūlai, gali padidėti kainos, o kai kuriais atvejais – net trūkumas.
Pats etanolis yra kuras, kurio privalumai yra abejotini. Tai reikalauja specialaus tvarkymo, įskaitant unikalios sudėties benziną degalų mišiniams ir specialias tranzito procedūras, dėl kurių jis gali būti brangus. Jis taip pat nedega siaubingai švariai ir yra mažiau efektyvus nei benzinas, o tai reiškia, kad automobilis, varomas etanoliu arba etanolio/benzino mišiniu, turės mažesnę ridą. Be to, pati etanolio gamyba nėra labai efektyvi energijai, o kai kuriais atvejais kuro gamyba ir transportavimas gali kainuoti daugiau energijos nei pagaminama.
Etanolio subsidijų kritikai teigia, kad vyriausybės lėšos turėtų būti skirtos tikrai atsinaujinančių, novatoriškų energijos šaltinių skatinimui, o ne išleisti abejotinos vertės kurui. Pagal šį argumentą etanolio subsidijų išlaikymas yra švaistomas. Pasirinkimas, kur nukreipti lėšas, atrodo, būtų naudingesnis ilgalaikėje perspektyvoje, net jei naujesnės technologijos nėra iš karto sėkmingos.