Kepenų cistos gydymas paprastai priklauso nuo cistos tipo, jos buvimo vietos ir nuo to, ar ji sukelia paciento sveikatos problemų, ar ne. Jei kepenų cista yra gerybinė ir neturi pastebimo poveikio paciento sveikatai, gydymas gali būti visai nereikalingas. Tačiau kitais atvejais dėl poveikio sveikatai ar dydžio gali prireikti gydymo, o gydytojai gali gydyti antibiotikus, drenažą ar operaciją. Kai kuriais atvejais gydytojai netgi gali gydyti kepenų cistą, gydydami ją sukėlusią ligą.
Vienas iš kepenų cistos gydymo būdų yra antibiotikų vartojimas. Jei cista atsirado dėl bakterinės infekcijos, tam tikro tipo bakterinei infekcijai gali būti naudinga naudoti atitinkamą antibiotiką. Laikas, per kurį pacientas turės vartoti antibiotiką kepenų cistai gydyti, paprastai priklauso nuo infekcijos tipo ir jos sunkumo. Kai kuriais atvejais žmogui gali tekti vartoti antibiotikus mėnesį ar ilgiau. Tačiau kitose šalyse gali pakakti kelių dienų antibiotikų vartojimo.
Drenažas kartais naudojamas ir paprastoms skysčių užpildytoms cistoms gydyti. Pavyzdžiui, gydytojai gali naudoti drenažą, kad sumažintų cistos sukeliamą spaudimą. Tačiau drenažas ne visada yra geriausias tokio tipo cistų gydymo būdas, nes jis gali neišgydyti ligos, dėl kurios ji išsivystė. Vietoj to, laikui bėgant pacientui gali atsirasti naujų kepenų cistų.
Chirurgija yra dar vienas galimas kepenų cistų gydymo būdas. Jis dažniausiai naudojamas, kai cistos yra labai didelės, sukelia per didelį spaudimą arba prisideda prie kitų sveikatos problemų. Jis taip pat gali būti naudojamas, kai cistos tinkamai nereaguoja į kitus gydymo būdus. Įdomu tai, kad ne visos kepenų cistos gydomos atvira operacija; kai kurie gydomi laparoskopine operacija, kuri apima tik nedidelį pjūvį, per kurį pašalinama cista. Naudojamos operacijos tipas paprastai priklauso nuo cistos dydžio ir kepenų dalies, kurioje ji yra.
Kartais kepenų cistos gydymas apima rūpinimąsi susijusia būkle, kuri prisidėjo prie jos vystymosi. Pavyzdžiui, gydytojai gali skirti vaistus nuo pagrindinės ligos, o šis gydymas taip pat gali padėti gydyti cistą. Tačiau kartais kepenų cistų gydymas gali būti toks pat paprastas, kaip pakeisti dietą.