Nors yra daug galimų neigiamų aspektų ir daugelis žmonių jaučiasi netikri, ar ši praktika yra moraliai teisinga, ar ne, klonavimas turi daug privalumų. Tam tikros klonavimo rūšys gali būti naudojamos kuriant didesnės maistinės vertės maisto šaltinius, o kiti gali būti naudojami vaistų ar gydymo būdų kūrimui. Vienas iš geriausiai žinomų klonavimo pranašumų yra organų transplantacija, kuri gali išgelbėti nelaimingų atsitikimų aukų ir laukiančių organų donorystės gyvybes.
Medicininė klonavimo nauda gali prasidėti nuo tikrosios kūno mitybos. Ne tik klonuotos karvės ir vištos gali duoti daugiau kiaušinių ir pieno, bet ir mokslininkai gali genetiškai pakeisti šių maisto produktų maistinę vertę. Kūdikiams, negalintiems žindyti, taip pat gali būti naudingas tam tikras gyvūnų klonavimas. Pavyzdžiui, karvė, kurios genetinis kodas yra manipuliuojamas, gali gaminti pieną, kuriame yra baltymų, panašių į tuos, kurie yra žmogaus motinos piene.
Vaisingumas yra dar vienas iš galimų klonavimo pranašumų. Tiems, kurie yra sterilūs, šis sprendimas gali suteikti vilties, kai kitos galimybės nepavyko. Vienas iš labiausiai paplitusių reprodukcinio klonavimo procesų prasideda vieno iš tėvų genetinės medžiagos suleidimu į kiaušinėlį. Tai padarius, kiaušialąstė stimuliuojama elektra arba cheminėmis medžiagomis, tada įdedama į gimdą. Nors šis procesas tam tikru mastu buvo atliktas su gyvūnais, reikia atlikti tolesnius tyrimus, siekiant išsiaiškinti, ar jis taip pat veiks žmonėms.
Be mitybos ir vaisingumo, klonavimo nauda apima ir daugelio medicininių problemų gydymą. Organų transplantacija yra geriausiai žinomas medicininis klonavimo būdas. Kartais persodinami organai paimami iš gyvūnų, kuriuos nuolat atmeta žmonių recipientai. Tačiau klonuoti gyvūnai gali turėti žmogaus genų, todėl atmetimas gali būti retesnis. Klonavimas taip pat gali būti naudingas pakeičiant kaulus, kremzles ir odą nudegimų ir nelaimingų atsitikimų aukoms.
Kiti medicininiai klonavimo pranašumai yra pažangios medicinos sukūrimas. Šie vaistai gali būti naudojami širdies ir kaulų čiulpų gydymui, diabetui ir reumatoidiniam artritui kontroliuoti ir galbūt net inkstų ligoms ir Parkinsono ligai gydyti. Be to, klonavimas taip pat gali padėti išgydyti tam tikras vėžio rūšis, pakeičiant mutavusius genus sveikais, normaliais. Šis procesas dažnai susideda iš imuninių ląstelių paėmimo iš paties paciento kūno, jų dubliavimo ir grąžinimo į sistemą.