Pieno netoleravimo požymiai kūdikiams paprastai pasireiškia praėjus maždaug 30–60 minučių po maitinimo. Tai prasideda pilvo skausmu, o po to seka grimasos ir nepaguodžiamas verksmas. Dažnai kūdikis pradeda raitytis dėl diskomforto. Šie simptomai paprastai pasireiškia tik po maitinimo, tačiau bendras nerimastingumas greičiausiai išliks visą dieną.
Pieno netoleravimas kūdikiams išsivysto dėl nesugebėjimo tinkamai virškinti laktozės, esančios tiek motinos, tiek gyvulių piene, o skausmą sukelia perteklinė dujų gamyba. Tačiau tai nėra pieno alergija, o alerginė reakcija į karvės pieno baltymą. Alergijos pienui simptomai yra skirtingi ir pasireiškia tik odai ir kvėpavimo sistemoms. Kita vertus, pieno netoleravimo požymiai dažniausiai pastebimi pilvo srityje.
Laktozės netoleruojantiems kūdikiams paprastai pasireiškia tokie simptomai kaip pilvo pūtimas, skrandžio skausmas ir viduriavimas. Dažniausiai aplink išangę bus raudonas žiedas nuo susidariusios nesuvirškintos pieno rūgšties. Toliau susidaro dujų perteklius. Kai kuriems kūdikiams taip pat gali pasireikšti egzema, pilvo diegliai ir vėmimas.
Pieno netoleravimo sukeltas viduriavimas skiriasi nuo įprastų minkštų geltonų išmatų. Jis būna gana tamsus ir labai skystas, dažnai pasitaikantis visą dieną. Dėl to kartu su vėmimu kūdikis, netekęs tiek skysčių, gali dehidratuoti. Tėvai gali pasikonsultuoti su gydytojais dėl kūdikių dehidratacijos prevencijos.
Kūdikių pieno netoleravimas taip pat gali sukelti egzemos protrūkį. Egzema pradžioje gali būti atskirta iš mažų baltų gumbelių, kurie dengia nedidelę kūdikio dalį ir yra apsupti tamsesnės raudonos srities. Dėl sunkesnės egzemos oda taps raudona ir pleiskanojanti, galinti padengti daug didesnį kūdikio kūno plotą. Tai gali sukelti niežėjimą ir diskomfortą kūdikiui, todėl reikia stengtis subraižyti vietą.
Kūdikių pieno netoleravimas yra retas ir vis dažnesnis, kai žmogus sensta. Kūdikiai, neseniai patyrę viduriavimą sukeliančią virusinę infekciją, gali laikinai netoleruoti pieno produktų. Gydytojai paprastai pataria neduoti pieno produktų netrukus po tokios infekcijos. Neišnešioti gimę kūdikiai taip pat gali netoleruoti pieno.