Genitalijų karpų gydymas nėštumo metu dažnai šiek tiek skiriasi nuo gydymo ne nėščioms moterims. Kai kurie vaistai gali būti nesaugūs vartoti ant makšties ar jos viduje, kai moteris yra nėščia. Vietoj to gydytojai gali rekomenduoti tokius gydymo būdus kaip lytinių organų karpų užšaldymas, kuris vadinamas krioterapija, arba pašalinimas lazeriu. Gydytojai taip pat gali rekomenduoti gydymą vietiniu vaistu, vadinamu trichloracto rūgštimi (TCA). Daugelis kitų dažniausiai naudojamų vietinių gydymo būdų yra neriboti, nes jie gali pakenkti moters negimusiam vaikui.
Vienas iš dažniausiai naudojamų lyties organų karpų gydymo nėštumo metu metodų yra krioterapija. Šis gydymas apima lytinių organų karpų naudojimą skystu azotu. Genitalijų karpos užšaldomos ir leidžiamos palaipsniui atitirpti. Po gydymo audinys, sudarantis genitalijų karpas, palaipsniui miršta ir nukrenta. Tačiau daugeliu atvejų vieno krioterapijos procedūros nepakanka lytinių organų karpoms atsikratyti; dažnai reikia kartoti gydymą.
Lazerinis šalinimas taip pat yra vienas iš labiausiai paplitusių lyties organų karpų gydymo būdų nėštumo metu. Šio gydymo metu intensyvi šviesa sutelkta į karpas. Taip sunaikinamas karpų audinys, nepakenkdamas besivystančiam kūdikiui. Daugeliu atvejų genitalijų karpų pašalinimas lazeriu gali būti atliktas nepažeidžiant aplinkinių kūno audinių ir gali sukelti mažiau skausmo nei krioterapija. Tačiau tai gali pasirodyti brangesnis pasirinkimas ir yra tikimybė, kad karpų audinys ilgainiui gali sugrįžti.
TCA yra vietinis gydymas, kuris taip pat naudojamas lytinių organų karpoms gydyti nėštumo metu. Daugelis kitų vietinių gydymo būdų nėštumo metu nenaudojami, nes jie gali būti pavojingi negimusiam kūdikiui. Deja, kai kurie vietiniai vaistai gali būti absorbuojami per odą ir sukelti apsigimimus.
Tačiau gydant lytinių organų karpas jas sukeliančio viruso neatsikratoma. Tai reiškia, kad gydymo tikslas yra pašalinti karpų audinį, o ne išgydyti pacientą nuo lytinių organų karpų. Virusas ilgainiui gali sukelti naujų karpų ir gali būti perduotas kitam asmeniui.
Kai kurios moterys gali pasirinkti palaukti, kol pagimdys, o ne gydyti lytinių organų karpas nėštumo metu. Kai kuriais atvejais tai gali būti gerai. Tačiau kitose genitalijų karpos gali tapti pakankamai didelės, kad trukdytų kūdikiui judėti gimdymo kanalu, arba gali sukelti gausų kraujavimą. Tokiu atveju gydytojas gali rekomenduoti cezario pjūvį.