Metileno mėlynasis, dažniausiai naudojamas dėmės, naudojamas audinių mėginiams, žiūrimiems pro mikroskopą, pagerinti, taip pat yra plačiai pritaikytas medicinoje. Ši medžiaga ne tik miršta atliekant diagnostines ir chirurgines procedūras, bet ir kaip priešnuodis apsinuodijus cianidu. Jis vartojamas methemoglobinemijai, būklei, kuriai būdingas kraujo nesugebėjimas veiksmingai pernešti deguonies, gydyti. Kaip vaistas, metileno mėlynasis gali būti vartojamas per burną arba į veną. Galimas jo vaidmuo gydant maliariją, Alzheimerio ligą ir vėžį yra nuolatinė tyrimų sritis.
Apsinuodijimas kalio cianidu ir anglies monoksidu buvo gydomas metileno mėlynuoju kaip priešnuodžiu. Pirmą kartą jis buvo naudojamas apsinuodijimui cianidu XX amžiaus trečiajame dešimtmetyje, o XX amžiaus viduryje buvo naudojamas anglies monoksido poveikiui gydyti. Vis dar naudojamas kovojant su apsinuodijimu cianidu, hiperbarinis deguonis pakeitė jį kaip pageidaujamą anglies monoksido poveikio gydymo metodą. Kitas istorinis vaisto panaudojimas skirtas maliarijos gydymui; atsinaujina susidomėjimas jį naudoti šiuo tikslu dėl ekonomiškumo.
Methemoglobinemija yra methemoglobino perteklius kraujyje. Skirtingai nuo hemoglobino, methemoglobinas negali pernešti gyvybiškai svarbaus deguonies į kūno ląsteles ir audinius, todėl oda gali būti blyški arba melsva, susijusi su šiuo sutrikimu. Ši būklė gali būti įgimta arba sukelta dėl tam tikrų cheminių medžiagų poveikio. Kūdikiai yra ypač jautrūs įgytai methemoglobinemijai, kai yra veikiami per didelio nitratų kiekio vandenyje, kurį sukelia žemės ūkio nuotėkis. Metileno mėlynasis paprastai skiriamas į veną įgytai methemoglobinemijai gydyti, o geriamosios dozės skiriamos įgimtai ligai gydyti.
Metileno mėlynasis taip pat veikia kaip monoaminooksidazės inhibitorius (MAOI) ir yra naudojamas depresijos ir nerimo gydymui. Jei šis vaistas vartojamas su selektyviais serotonino reabsorbcijos inhibitoriais (SSRI), gali pasireikšti rimtas šalutinis poveikis. Jis taip pat naudojamas gaminant antipsichozinius vaistus, skirtus šizofrenijai ir kitiems sutrikimams gydyti. Tęsiami tyrimai dėl jo vartojimo sergant Alzheimerio ir Parkinsono ligomis.
Kartu su antibiotikais metileno mėlynasis vartojamas per burną šlapimo takų infekcijoms gydyti. Mėlynieji dažai taip pat naudojami atliekant diagnostines ir chirurgines šlapimo pūslės bei kitų audinių ir organų procedūras. Jis padeda atlikti medicinines procedūras, sustiprindamas audinius, todėl juos lengviau apžiūrėti. Metileno mėlynasis naudojamas atliekant laparoskopines, endoskopines ir rentgeno procedūras.
Tyrimai ir toliau tiria, kokį vaidmenį šis vaistas gali atlikti gydant vėžį. Jis naudojamas limfmazgiams nustatyti krūties vėžio atvejais ir veiksmingai naudojamas chemoterapijos agento ifosfamido sukeltam neurotoksiškumui gydyti. Įrodyta, kad metileno mėlynasis, kaip tiesioginis vėžio gydymas, sukelia vėžio ląstelių apoptozę. Jo naudojimas kartu su šviesa taip pat tiriamas vėžio ir kitų ligų gydymui.
Paciento šlapimo ir išmatų spalvos pakitimas yra dažnas šio vaisto šalutinis poveikis. Abu gali tapti mėlynai žalios spalvos, kuri nutrūksta nutraukus vaisto vartojimą. Kitas šalutinis poveikis yra pykinimas, vėmimas ir viduriavimas. Retas šalutinis poveikis yra alpimas, per didelis nuovargis ir nereguliarus širdies plakimas.