Etanolio kainai įtakos gali turėti įvairūs veiksniai. Šis kuras priklauso nuo žemės ūkio produkto, dažniausiai kukurūzų ar cukraus, todėl šių pagrindinių prekių kaina gali turėti didelį skirtumą nustatant etanolio kuro kainą. Kiti veiksniai, turintys įtakos etanolio kainai, yra gamybos sąnaudos, transportavimo išlaidos, mokesčiai ar tarifai ir subsidijos. Kai kurie iš jų daro spaudimą didinti kainas, o kiti siekia sumažinti kainas.
Norint suprasti pagrindinį žemės ūkio prekių kainų vaidmenį etanolio dujų kainoje, reikia žinoti, kas turi įtakos tų prekių kainoms. Augimo sąlygos, tokios kaip ligos, oro sąlygos ir dirvožemio sąlygos, turi didelę įtaką kainai. Pasiūlos ir paklausos dėsnis moko, kad jei paklausa išlieka tokia pati arba auga, o pasiūla mažėja, kaina didėja. Todėl, kai sąlygos sumažina pasėlių derlių, kaina kyla. Geresniais metais etanolio kainos iš tikrųjų gali sumažėti.
Nors šių pagrindinių etanolio elementų kaina yra svarbi, jie nėra tokie nepastovi, kaip daugelis gali manyti. Kukurūzai ir cukrus dažnai perkami pagal sutartį, taip išvengiant kai kurių kasdienių kainų pokyčių, kurie tikrai įvyks. Todėl etanolio kainos gali išlikti gana stabilios net tada, kai prekių rinkoje vyksta dideli svyravimai. Kai deramasi dėl naujų sutarčių, etanolio kainos gali pasikeisti dėl atnaujintų prekių kainų.
Kitas svarbus veiksnys, lemiantis etanolio kainas, yra transportavimo išlaidos. Etanolis turi būti vežamas cisternose traukiniuose ir sunkvežimiuose, nes jis yra toks ėsdinantis. Yra labai mažai vamzdynų, skirtų tokiai medžiagai vežti. Todėl, palyginti su įprastu benzinu ir alyva, etanolis brangsta.
Transportavimo išlaidas šiek tiek kompensuoja tai, kad daugelyje vietų etanoliui taikomos subsidijos ir mokesčių lengvatos. Tokios paskatos egzistuoja, nes kai kurios vyriausybės nori skatinti naudoti etanolį kaip švaresnį kurą. Tai padeda sumažinti etanolio kainas, nors ir dirbtinai.
Tačiau ši dirbtinė kainų kontrolė gali veikti abiem kryptimis. Tarifai ir kiti mokesčiai etanoliui taip pat yra dirbtinis poveikis kainoms ir padeda didinti kainą, ypač kai kalbama apie etanolio šaltinius iš užsienio. Pavyzdžiui, Brazilijos etanolį būtų daug pigiau įsigyti JAV, išskyrus tai, kad jo importui taikomas tarifas. Dėl to braziliško etanolio kaina yra lygi arba net brangesnė nei vietinio etanolio. Tai gali būti nenaudinga vartotojams, bet padeda apsaugoti vidaus pramonę.