Japonų mitologija pirmiausia sukasi apie šintoizmo religiją ir apima tūkstančius dievų, deivių ir dvasių. Iš tiesų, pagal šintoizmo tikėjimus, kiekvienas gamtos objektas – nuo mažiausios uolos iki didžiausio medžio – turi savo dvasią; dėl to pasauliečiui gali šiek tiek priblokšti pagrindinių tikėjimo sistemos elementų supratimo. Nepaisant daugybės dievybių Japonijos mitologijoje, kelios pagrindinės dievybės vaidina svarbų vaidmenį, įskaitant Amaterasu, Hachimaną ir Susano.
Šintoizmo religijoje dievybės vadinamos „kami“. Tačiau šis terminas yra daugiau nei tik dievybių pavadinimas, jis taip pat reiškia gyvybės jėgą, kuri, kaip teigiama, teka per kiekvieną pasaulio būtybę ir gamtos gabalėlį. Po mirties žmogaus dvasios tampa kami, o norėdami tai pagerbti, įtakingiausi piliečiai dažnai palaidojami vienoje iš daugybės Japonijos šventovių, kad tikinčiųjų atsidavimas juos pasiektų.
Susano, audrų kami, yra nenumaldomai susieta su Japonijos aplinka. Japonija yra apsupta vandens, o kartais tas vanduo gali būti ypač šiurkštus, užleisdamas vietą stipriems taifūnams ir didžiuliams cunamiams. Japonija yra Ramiojo vandenyno ugnies žiedo dalyje – terminas, naudojamas apibūdinti vietovę, kurioje gali kilti žemės drebėjimų ir ugnikalnių išsiveržimų. Manoma, kad Susano mažai rūpinasi žeme ir jos žmonėmis.
Amaterasu yra saulė ir vaisingumo kami japonų mitologijoje ir vienas iš svarbiausių kami. Ji vaidina svarbų vaidmenį kuriant šviesą, leidžiančią augti ryžių laukams, vienam iš pagrindinių Japonijos kultūrų, kiekvieną sezoną. Teigiama, kad jos anūkas Ninigi no Mikoto yra pirmojo Japonijos dieviškojo imperatoriaus Jimmu Tenno senelis. Nors Imperatorius nebevaldo Japonijos, simbolinis karališkosios šeimos vaidmuo išlieka labai reikšmingas tautai.
Hachimanas visų pirma yra karo ir karių kami, tačiau jį taip pat garbina tie, kurie dirba žvejybos ir žemės ūkio pramonėje. Samurajus, labai apmokytų ir nuožmiai ištikimų japonų karių grupė, ieško Hachimano apsaugos. Jis yra viena populiariausių dievybių Japonijoje, visoje šalyje jam skirta tūkstančiai šventovių.
Japonų mitologijoje taip pat yra daugybė istorijų apie piktąsias dvasias, o dauguma šalyje atliekamų ritualų yra skirti sutrukdyti šioms dvasioms pakenkti. Vienas populiarus ritualas vyksta prieš Naujuosius, kai japonai valo savo namus ir šluota nušluoja piktąsias dvasias. Kedro lapai taip pat gali būti dedami virš įėjimo į japonų namus, kad būtų išvengta Amazake-babaa, pagyvenusios moters, kuri užkrečia ligas visiems, kurie atsitrenkia į duris, kai ji beldžiasi.