Priklausomai nuo sutrikimo sunkumo, pacientams, kuriems yra pernelyg aktyvi autonominė nervų sistema, galimi įvairūs gydymo būdai. Šią būklę gali sukelti kitas sutrikimas, pavyzdžiui, alkoholizmas ar diabetas, ir, kai įmanoma, gydant šias ligas galima visiškai išgydyti autonominės nervų sistemos problemas. Atvejai, kurie atsiranda spontaniškai, nėra išgydomi, nors yra gyvenimo būdo pokyčių ir vaistų, kurie gali padėti pacientams susidoroti su neigiamu šių sutrikimų poveikiu. Naudojamas gydymo būdas dažnai priklauso nuo simptomų sunkumo.
Kai kuriais atvejais pacientui gali išsivystyti pernelyg aktyvi autonominė nervų sistema, nes jis turi kitą medicininę problemą. Buvo žinoma, kad alkoholizmas sutrikdo šios sistemos veiklą, todėl tokiu atveju gydymas būtų susijęs su alkoholio atsisakymu ir leidimu organizmui atsigauti nuo per didelio gėrimo sukeltos žalos. Pacientai, sergantys cukriniu diabetu, taip pat gali turėti problemų su autonomine nervų sistema, ir nors šios ligos negalima išgydyti, ją gerai valdant galima pašalinti daugelį simptomų. Kai kurios virusinės infekcijos taip pat gali sukelti autonominės nervų sistemos sutrikimus, kurie gali išnykti savaime, kai infekcija nuslopinama.
Tačiau daugeliu atvejų neįmanoma išgydyti pernelyg aktyvios autonominės nervų sistemos. Pacientai, turintys tam tikrų genetinių sutrikimų; degeneracinės ligos, tokios kaip Parkinsono liga; arba sužalojimai, pažeidžiantys autonominę nervų sistemą kontroliuojančias smegenų dalis, gali tekti valdyti šį sutrikimą visą savo gyvenimą. Lengvais atvejais, kurie pacientą paveikia tik protarpiais arba tik šiek tiek padidina kraujospūdį ir širdies susitraukimų dažnį, pacientas gali valdyti simptomus streso mažinimo metodais. Tinkama mityba, aukštas fizinio pasirengimo lygis ir teigiamas požiūris į gyvenimą gali padėti nuraminti pacientą ir slopinti adrenalino srautą, dėl kurio sistema per daug reaguoja. Taip pat naudingas gilus kvėpavimas ir meditacija, ypač kai pacientą ištinka priepuolis.
Sunkesniais atvejais gali prireikti vartoti vaistus ar kitą medicininę intervenciją. Kai kurie vaistai gali būti naudojami kraujospūdžiui ir širdies susitraukimų dažniui mažinti, o kiti gali padėti pacientui jaustis mažiau nerimaujantiems. Chirurginės procedūros, leidžiančios normaliai plakti širdžiai, taip pat gali būti prieinamos pacientams, turintiems sunkių problemų, turinčių įtakos širdies ritmui.