Prenatalinis genetinis tyrimas turi keletą privalumų ir trūkumų. Be to, tai leidžia planuoti galimas vystymosi problemas, nustatyti vaisiaus gyvybingumą ir nustatyti tėvystę. Neigiama yra tai, kad jis gali pakenkti vaisiui ir gali padidinti persileidimo tikimybę. Genetinis tyrimas taip pat nėra 100% tikslus ir gali sukelti emocinių problemų moteriai ar porai, jei jie susiduria su sprendimu, ar nutraukti nėštumą.
Prenataliniai genetiniai tyrimai gali suteikti tėvams informacijos, reikalingos planuoti bet kokius specialius poreikius, kurių gali turėti jų būsimas vaikas. Jis gali nustatyti, ar yra apsigimimų, tokių kaip lūpos įskilimas ar stuburo slanksteliai, todėl tėvai turi laiko planuoti gydymo galimybes ir galimas operacijas. Dėl vystymosi problemų, tokių kaip Dauno sindromas ir kitos trisomijos, tokios kaip Edvardo sindromas, prenataliniai genetiniai tyrimai suteikia tėvams laiko pasiruošti galimybei auginti vaiką su tokia liga.
Daugumos nėštumų metu su gyvybe nesuderinamas vaisius gali persileisti. Tačiau yra atvejų, kai nėštumas tęsiasi, nepaisant to, kad vaisius beveik neabejotinai išnyks iš karto po gimimo. Tokiais atvejais prenataliniai genetiniai tyrimai gali būti naudingi nustatant, ar saugu, ar naudinga išnešioti nėštumą iki galo, taip apsaugant motinos sveikatą ir apsaugoti vaisius nuo nereikalingo skausmo.
Kitas prenatalinio genetinio tyrimo pranašumas yra tėvystės nustatymas prieš gimstant vaikui. Tai gali supaprastinti globos ir vaiko išlaikymo tvarką. Genetinį tyrimą galima atlikti atliekant amniocentezę palyginti anksti nėštumo metu. Šio testo metu surinktą DNR galima palyginti su galimų tėvų DNR, kad būtų galima nustatyti, kas yra teisiškai atsakingas už vaiką.
Galbūt vienas didžiausių prenatalinio genetinio tyrimo trūkumų yra emocinis poveikis, kurį jis gali turėti abiem tėvams. Tokio tipo tyrimai dažnai suteikia jiems galimybę pasirinkti, ar tęsti nėštumą, ar ne. Kai kuriems tai gali būti laikoma geru dalyku. Tačiau tai gali padidinti emocinių traumų ar kaltės jausmo tikimybę nutraukti terminą arba nuspręsti nutraukti sutartį.
Nors genetiniai tyrimai kasmet tobulėja, tam tikra rizika vis dar egzistuoja. Du dažniausiai atliekami genetiniai tyrimai – lėtinis gaurelis ir amniocentezė – padidina persileidimo riziką ir kai kuriais atvejais gali pakenkti vaisiui. Šio tipo bandymai taip pat ne visada tikslūs. Vaisiai, kuriems diagnozuotos tam tikros problemos, gali gimti visiškai sveiki, o tie, kurie, kaip manoma, sveiki įsčiose, gali gimti ne.