Yra keletas skirtingų akvakultūros pašarų tipų, įskaitant natūralius ir dirbtinius. Natūralūs pašarai skirstomi į vieną iš trijų kategorijų: natūralūs gyvūnai ir augalai, šiukšlių žuvys ir gyvi maistiniai organizmai. Vandens augintojai su žuvimi augina natūralų gyvulinį ir augalinį maistą, o ne šiukšlių žuvis, kurios nėra gyvas maistas. Gyvi maisto organizmai yra specializuotas maistas, paprastai šeriamas labai mažomis žuvimis arba vandens ūkių produktais jų lervų stadijose. Kai kuriuose specialiuose pašaruose yra priedų, tokių kaip vitaminai, vaistai ar vakcinos.
Natūralūs gyvūnai arba žuvys ir augalai turi keletą privalumų ir trūkumų. Dažnai šie maisto produktai yra pigesni nei kai kurie kiti pasirinkimai. Žuvis ar kitos jūros gėrybės gali laisvai šerti, kai jos yra alkanos, nes natūralūs produktai gyvena kartu su vandens ūkio produktu. Vandens augintojas mažiau kontroliuoja šiuos akvakultūros pašarus ir gali neatitikti visų akvakultūros pasėlių mitybos poreikių.
Neapdoroti arba šiukšlių pašarai, kurie yra nekomercinės žuvys, yra brangesni nei natūralūs akvakultūros pašarai. Vandens augintojas turi atsižvelgti į šiukšlių žuvų laikymo šaldytuve arba užšaldytas išlaidas. Kai kurios žuvys ar jūros gėrybės nepriims dirbtinio maisto, todėl kai kurie vandens augintojai pasikliauja šiukšlių žuvimis. Šiukšlių žuvų naudojimo trūkumas yra tas, kad šios žuvys lėtai penėja žuvis. Ilgesnis laikotarpis tarp išperėjimo ir derliaus nuėmimo reiškia mažesnį pelną.
Gamintojai siūlo dirbtinius pašarus iš akvakultūros plūduriuojančių arba skęstančių granulių, trupinių ir dribsnių, taip pat pastos ir drėgnų formų. Paprastai dirbtiniuose pašaruose yra daug žuvų miltų. Dirbtinis maistas gana greitai padidina augimą. Vienas iš pagrindinių trūkumų yra tai, kad vandens augintojas turi pritaikyti jį maistiniams augalams, vadovaudamasis rūšimi, amžiumi ir kitais veiksniais. Kai kurios žuvys ar jūros gėrybės gali nevalgyti dirbtinių pašarų.
Gyvi maistiniai organizmai skiriasi nuo natūralių akvakultūros pašarų, nes jie yra mikroorganizmai, tokie kaip mikrodumbliai, mikroskopiniai gyvūnai, vadinami rotiferiais ir kt. Šio tipo maistas naudingas ką tik išsiritusioms žuvims ir kai kurių rūšių lervų stadijoms. Priklausomai nuo rūšies, gyvi maistiniai organizmai gali būti augalai arba vandens gyvūnai. Gyvų maisto organizmų naudojimas turi daug trūkumų. Paprastai, norint auginti organizmus, žmogui reikia specialių įgūdžių ir žinių, o procesas užtrunka labai daug laiko, o tai padidina darbo užmokesčio išlaidas.
Papildomi pašarai akvakultūrai yra pigesni ir gausesni nei daugelis pašarų. Jie netinka būti vieninteliu maisto šaltiniu, o papildo įprastą maistą. Paprastai šiuose pašaruose yra tik grūdų, tokių kaip soja, kviečiai ir ryžiai. Papildomų pašarų sąnaudų trūkumą kompensuoja padidėjęs pašarų augimas.
Vandens augintojai savo žuvų pasėliams duoda vaistinių pašarų, kad kovotų su daugeliu ligų ir kitų stresinių veiksnių, kurie kenkia jų pasėlių sveikatai. Žuvys ir kiti akvakultūros augalai yra jautrūs stresui dėl pernelyg didelio gyventojų skaičiaus, netinkamos mitybos ir kitų problemų. Prasta vandens kokybė, pvz., mažas deguonies kiekis ir didelis amoniako ar nitritų kiekis, gali turėti įtakos pasėlių sveikatai. Gamintojai parengia kai kuriuos vaistinius pašarus akvakultūrai, kad pašalintų šias problemas. Jie kuria vaistinius pašarus konkrečiai kiekvienai rūšiai, o vandens augintojai turi į tai atsižvelgti pirkdami tokio tipo pašarus.