Audito klausimus galima suskirstyti į keturias pagrindines kategorijas: preliminarius, pagrįstus procesu, patvirtinimo ir rizikos. Pagrindinis audito tikslas – patikrinti, ar laikomasi organizacijos politikos ir bet kokių teisinių įsipareigojimų. Nors dauguma žmonių galvoja apie auditą, susijusį su finansinėmis ataskaitomis, auditą galima atlikti bet kokiam procesui, kuris yra dokumentuotas ir kuriame yra operacijos, kurias galima peržiūrėti. Audito darbas yra veiksmingiausias būdas nustatyti faktinio apdorojimo spragas, nustatyti operacijos rizikos sritis ir užtikrinti, kad bus laikomasi tinkamų procedūrų.
Preliminarūs audito klausimai yra skirti suprasti organizacinę struktūrą, klientus, tiekėjus ir pagrindines verslo operacijas. Šiame etape dažniausiai vykdomajai vadovybei pateikiami klausimai, susiję su susirūpinimu, bet kokia nesąžininga ar įtartina veikla ir pagrindinis audito tikslas. Ši informacija yra būtina, kad auditorius galėtų nustatyti, kokie procesai yra įtraukti į audito apimtį ir su kuo susisiekti dėl prieigos prie bylų.
Preliminariame audito etape auditorius labai dažnai prašo prieigos prie veiklos vadovo, įmonės politikos kopijų ir bet kokios dokumentacijos apie įvairių sistemų ar verslo procesų naudojimą. Jis arba ji peržiūrės šios medžiagos išsamumą, tikslumą ir bendrą kokybę. Naudodamas šią informaciją kaip atskaitos tašką, auditorius parengs audito planą, kuriame pagrindinis dėmesys bus skiriamas nurodytų procedūrų laikymosi nustatymui.
Procesu pagrįsti audito klausimai yra skirti darbuotojams, atsakingiems už faktinių procesų užbaigimą. Pavyzdžiui, mokėtinų sumų tarnautojas bus paklaustas, ar jis buvo išmokytas apie įmonės apskaitos politiką, informacinę sistemą ar apskaitą apskritai. Tarnautojo gali būti paprašyta paaiškinti, kaip jis ar ji tvarkytų prašymą sumokėti daugiau nei konkreti piniginė vertė. Kiti klausimai gali apimti mėnesio ir metų pabaigos procedūras, patikrinimo saugumą ir mokėjimo grafikus.
Po to, kai auditorius nepriklausomai įvertins pavyzdines operacijas, jis turės klausimų, pagrįstų surinktais įrodymais. Šie klausimai yra labai konkretūs, sutelkiant dėmesį į konkretų sandorį ir naudojami sprendžiant bet kokius klausimus apie tikrąją verslo praktiką. Pavyzdžiui, jei išlaidų kompensavimas buvo apdorojamas be darbuotojo vadovo parašo, jį tvarkęs asmuo būtų paprašytas paaiškinti, kaip tai įvyko. Pateiktas atsakymas įtraukiamas į audito bylą ir galutinę ataskaitą.
Konkrečiai rizikai įvertinti naudojami audito klausimai, susiję su dokumentų, medžiagų ir darbuotojų saugumu. Kiti klausimai, naudojami norint pabrėžti riziką, apima personalo narių imlumą vadovų nurodymams, šių nurodymų laikymosi lygį ir bendrą darbo aplinką. Lygis, iki kurio vadovai dalyvauja kasdienėje veikloje, yra kita klausimų sritis, naudojama rizikos lygiui nustatyti.