Dėl autoimuninių ligų organizmo imuninė sistema atakuoja sveikas ląsteles ir audinius, kurie klaidingai laikomi sergančiais ar kenksmingomis ląstelėmis. Yra daug skirtingų autoimuninių ligų tipų, todėl dažnai reikia skirtingų gydymo metodų. Kurias kūno dalis paveikė liga, gydytojai gali nustatyti, kurie gydymo metodai būtų geriausi. Dažniausiai pažeidžiamos kūno dalys yra skydliaukė, kasa, raumenys, oda, kraujagyslės ir sąnariai. Autoimuninių ligų gydymas gali apimti imunosupresinius vaistus, hormonus, papildus, kraujo perpylimą ir fizinę terapiją.
Imunosupresiniai vaistai naudojami daugelyje autoimuninių ligų gydymo planų. Šie vaistai mažina imuninės sistemos atakas prieš organus, sąnarius, raumenis ir kitus audinius. Imunosupresiniai vaistai kai kuriems pacientams gali sukelti sunkų šalutinį poveikį, todėl juos reikia vartoti tiksliai taip, kaip nurodyta, o pacientus, vartojančius šiuos vaistus, gydytojai turi atidžiai stebėti, ar neatsiranda inkstų ar kepenų sutrikimų požymių. Pacientai, vartojantys imunosupresinius vaistus autoimuninėms ligoms gydyti, gali būti labiau linkę į rimtas infekcijas, todėl jie turėtų imtis atsargumo priemonių, kad išliktų sveiki, o susirgus ar atsiradus užkrėstai žaizdai, kreiptis į gydytojus.
Hormonai ir papildai gali padėti pakeisti trūkumus dėl autoimuninių ligų. Priklausomai nuo ligos tipo, pacientams gali prireikti skydliaukės papildų, insulino injekcijų ar vitaminų papildų, kaip dalį jų autoimuninių ligų gydymo. Pacientai, sergantys autoimuninėmis ligomis, neturėtų vartoti jokių papildų, žolelių ar vitaminų, nebent tai rekomendavo jų gydytojai, nes šios medžiagos gali pakeisti organų ir imuninės sistemos funkcionavimą.
Pacientams, kuriems diagnozuota autoimuninė liga, pažeidžianti kraują, gali tekti reguliariai perpilti kraują. Kai kurios ligos priverčia imuninę sistemą atakuoti raudonuosius kraujo kūnelius, kurie perneša deguonį visame kūne. Kraujo perpylimas gali sukelti komplikacijų, įskaitant per kraują plintančių ligų perdavimą, alergines reakcijas ir geležies kaupimąsi, galinčią pakenkti kepenims ir širdžiai. Kai kuriems pacientams autoimuninėms ligoms gydyti kartu su kraujo perpylimu gali prireikti chelatinės terapijos, kuri pašalina geležies perteklių.
Fizinė terapija gali padėti sumažinti skausmą ir patinimą, taip pat padidinti pacientų, sergančių raumenų ir sąnarių ligomis, mobilumą. Nesteroidiniai vaistai nuo uždegimo, tokie kaip ibuprofenas ir naproksenas, taip pat gali padėti sumažinti uždegimą, susijusį su imuninės sistemos atakomis prieš šiuos minkštuosius audinius. Daugelis pacientų, sergančių autoimuninėmis ligomis, turi kreiptis į gydytojus, kurie specializuojasi tam tikroje kūno srityje, pavyzdžiui, sąnarių ir raumenų reumatologus arba endokrinologus dėl su skydliaukės ir kasos susijusių autoimuninių ligų.