Automatinė prekybos programinė įranga gali būti klasifikuojama pagal rinką, kuria prekiaujama, arba pagal vartotojo tipą. Bendrieji rinkos tipai yra akcijos, prekės ir valiuta. Vartotojai yra pavieniai prekybininkai arba dideli prekybos fondai. Atskiri prekybininkai dažnai naudoja mažmeninės prekybos programinę įrangą, o fondai kuria savo.
Fondai prekiauja akcijomis, valiuta ir biržos prekių ateities sandoriais naudodami algoritmus, kuriuos jie sukūrė ir įtraukė į automatizuotą prekybos programinę įrangą. Tiksli šių algoritmų mechanika yra kruopščiai saugoma. Prekybos akcijomis fondai dažnai naudoja vadinamuosius impulso algoritmus, dažnai derinamus su prekyba poromis. „Momentum“ algoritmai naudojasi trumpalaikiais, dideliais kainų pokyčiais. Prekyba poromis reiškia, kad reikia pasirinkti dvi akcijas tame pačiame sektoriuje, tada pirkti stipresnę ir trumpinti silpnesnę.
Prekybos valiuta fondai gali naudoti algoritmus, pagrįstus kainų ir nepastovumo padidėjimo viena kryptimi aptikimu. Valiutų rinkos kainų pasiskirstymo ypatybės leidžia šiam metodui būti sėkmingam, o prekyboje akcijomis jis yra ribinis. Momentum prekyba naudojama tam tikroje automatizuotoje prekybos programinėje įrangoje, kurią fondai naudoja grūdų ateities sandoriams prekiauti. Bent vienas fondas naudoja skysčių dinamikos fiziką, kad galėtų prekiauti biržos ateities sandoriais.
Priešingai, mažmeninės prekybos programinė įranga paprastai atrodo gražiai kompiuterio ekrane, kartu su galimybe pateikti kelis pavedimus vienu metu paspaudus ekrano mygtuką ir teigia, kad tai yra „automatizuota“ prekybos programinė įranga. Prekybininkas vis tiek turi stebėti rinką, nuspręsti, kokios akcijos, ateities sandoriai ar valiutos priklauso jo prekybos mygtuku krepšeliui, ir tada nuspręsti, kada pradėti prekybą. Kai kurios mažmeninės prekybos programinės įrangos siūlo kodavimo sąsają, kurią prekiautojas gali naudoti rašydamas ir išbandydamas savo algoritmus.
Kita mažmeninės prekybos automatizuotos prekybos programinė įranga yra vadinama juodosios dėžės prekyba. Pirkėjui neatskleidžiami programinės įrangos naudojami algoritmai, dažnai jam nesuteikiama tinkama galimybė pasitikrinti, ar programinė įranga tikrai pelninga. Pirkėjų prašoma sutikti, kad programinė įranga buvo pelninga praeityje ir bus pelninga. „Black-box“ prekybos sistemos siūlomos prekybai akcijomis, biržos prekių ateities sandoriais ir valiuta.
Fondai, kurie naudoja automatizuotą prekybos programinę įrangą, ją plačiai išbando. Jie naudoja ir bootstrap, ir Monte Karlo testus, kad nustatytų, ar sistema yra pelninga laboratorijoje. Radę algoritmus, kurie sėkmingai atlieka testavimo režimą, jie jį išbando realiuoju laiku. Fondo sukurta programinė įranga kontroliuoja visus prekybos aspektus: nustato, kiek prekiauti, kuo prekiauti ir kada prekiauti, ir pateikia pavedimus tiesiogiai biržoje. Individualus prekiautojas turi sekti fondų testavimo strategiją, jei nori turėti pagrįstų perspektyvų prekiauti pelningai.