Bakterijų aptikimas yra svarbus daugelyje pramonės šakų, siekiant apsaugoti maistą, orą ir vandenį nuo užteršimo arba nustatyti infekcijos šaltinį medicinos aplinkoje. Tradiciniai bakterijų aptikimo metodai, pvz., kultūrų rinkimas, yra veiksmingi, tačiau gali užtrukti kelias valandas ar dienas, kol bus rodomi rezultatai, ir gali nepastebėti daugumos bakterijų tipų. Siekiant supaprastinti procesą ir padidinti aptikimo greitį, kuriami naujesni, greitesni bakterijų aptikimo metodai. Kai kurie iš jų apima polimerazės grandininę reakciją (PGR), infraraudonųjų spindulių prietaisus, kurie aptinka bakterijas maiste, ir greitus nuskaitymus, kurie nustato kraujo trombocitų bakterinį užteršimą. Daugelis šių metodų aptinka bakterijas matuojant deguonies lygį arba nedidelius elektros sutrikimus, rodančius bakterijų buvimą.
Tradicinė bakterijų aptikimo technika yra paimti mėginį, auginti bakterijų kultūrą ir suskaičiuoti augančias bakterijas. Šis metodas dažniausiai naudojamas medicinos įstaigose, kuriose saugomi kraujo trombocitų produktai. Kadangi trombocitų produktai turi būti laikomi kambario temperatūroje, jiems kyla didelė rizika užsikrėsti bakterijomis.
Tradiciniai auginimo metodai nustato deguonies lygio pokyčius, kurie rodo bakterijų buvimą, tačiau rezultatai gali užtrukti septynias dienas. Yra naujesnių, greitesnių bakterijų aptikimo sistemų, pavyzdžiui, kietosios fazės citometrija, kuri aptinka ir suskaičiuoja visas fluorescencine spalva pažymėtas bakterijas per tris minutes.
Kaip ir metodai, naudojami bakterijoms aptikti trombocitų produktuose, bakterijoms aptikti vandenyje arba ore paprastai reikia trombocitų skaičiaus, kai vanduo dedamas ant agaro paviršiaus ir kultūrai leidžiama augti. Praėjus pakankamai laiko, kad bakterijos galėtų daugintis, skaičiuojamos bakterijų kolonijos. Kitas būdas identifikuoti bakterijas vandenyje – virusu užkrėsti bakterijas fluorescencinėmis reporterio molekulėmis, kurias galima identifikuoti fluorescencinės spektroskopijos būdu.
Naujesnis bakterijų aptikimo metodas, kurį galima pritaikyti įvairiems tikslams, yra jutiklis, padengtas bakterijų antikūnais, per kuriuos praeina elektros srovė. Kai šis jutiklis liečiasi su bakterijomis, jutiklis aptinka dažnio pokyčius, rodančius bakterijų buvimą. Ši technologija buvo naudojama siekiant pagerinti Escherichia coli (E. coli) bakterijų aptikimą mėsos perdirbimo įmonėse, taip pat mikrocistino-LR (MC-LR) toksino aptikimą geriamajame vandenyje. Ši technologija bakterijas aptinka per kelias minutes, o senesnis auginimo metodas trunka nuo kelių valandų iki kelių dienų.
PGR yra molekulinis bakterijų identifikavimo metodas, turintis keletą pranašumų, palyginti su kitais bakterijų aptikimo metodais. Kai kurie skaičiavimai teigia, kad daugiau nei 99 procentai visų žmogaus organizme esančių bakterijų negali būti auginami, todėl tradiciniai metodai yra netinkami daugeliui pritaikymų. Naudojant RNR ir DNR amplifikacijos metodus, PGR gali labai greitai aptikti mažus bakterijų kiekius.