Chlorheksidino šalutinis poveikis yra įvairus, nes šis antiseptikas naudojamas įvairiuose preparatuose. Jis dažniausiai randamas tam tikruose burnos skalavimo skysčiuose, muiluose ar chirurginiams preparatams skirtuose skysčiuose ir kontaktinių lęšių tirpaluose. Išskyrus atvejus, kai žmogui pasireiškia sisteminė reakcija į medžiagą, pvz., anafilaksinis šokas, dauguma reakcijų pasireiškia lokaliai, kai chlorheksidinas patenka į kūną. Jei pasireiškia neigiamas poveikis, burnos skalavimo skysčiai dažniausiai sukelia burnos simptomus, muilas sukelia odos reakcijas, o kontaktiniai lęšiai ar akių chirurginiai tirpalai gali paveikti akis.
Kiekvienas, turintis alergiją šiai cheminei medžiagai, gali patirti sisteminę reakciją į jos naudojimą bet kokia forma. Šio rečiausio chlorheksidino šalutinio poveikio požymiai yra pasunkėjęs kvėpavimas ir dilgėlinė. Taip pat dažnai pabrinksta burna, veidas ir liežuvis. Šie simptomai reikalauja skubios medicininės pagalbos.
Kitais atvejais chlorheksidino šalutinis poveikis dažniausiai pasireiškia toje vietoje, kur vyksta poveikis. Pavyzdžiui, burnos skalavimo skysčiai pastebėjo šalutinį poveikį, pvz., padidėjusį apnašą, rudą ar juodą dantų dėmę ir opos burnoje. Maisto ir gėrimų skonis gali būti kitoks arba gali atsirasti nepageidaujamų poveikių, pvz., baltas liežuvis arba kraujuojančios dantenos. Nurijus burnos skalavimo skystį, kuris nerekomenduojamas, taip pat gali atsirasti skrandžio simptomų, tokių kaip virškinimo trakto sutrikimas ir skausmas arba retais atvejais kolitas.
Chlorheksidino šalutinis poveikis, susijęs su sąlyčiu su oda, dažnai yra bėrimas. Kai kurie pacientai pastebi odos deginimą ar lupimąsi. Arba pakartotinis naudojimas gali sukelti nuolatinį dirginimą ar niežėjimą. Kai kuriems žmonėms dėl reguliaraus naudojimo išsivysto kontaktinis dermatitas ir jiems reikia pereiti prie muilo, kuriame nėra šios medžiagos. Gyvūnai taip pat gali sudirginti odą dėl chlorheksidino, nes cheminė medžiaga gali būti naudojama žaizdoms valyti veterinarinėje praktikoje.
Nemažai akių chirurgų akims valyti ir paruošti operacijai naudoja preparatus su chlorheksidinu. Tai gali būti siejama su didesne šalutinio poveikio rizika, nes cheminės medžiagos yra didesni kiekiai. Kai kurios nepageidaujamos reakcijos, susijusios su poveikiu, yra ragenos opos, akių skausmas arba junginės – akių baltymą dengiančios gleivinės – sudirginimas ir patinimas. Retais atvejais dėl akių pažeidimo gali prireikti taisyti rageną.
Šios cheminės medžiagos kiekis kontaktinių lęšių tirpaluose naudojamas mažesnis. Vis dėlto kai kurie patiria šalutinį chlorheksidino poveikį, įskaitant akių skausmą ar akių dirginimą. Jei šie simptomai išlieka, žmonėms patariama pasikalbėti su gydytojais arba bent jau pereiti prie kontaktinių lęšių tirpalo, kuriame nėra chlorheksidino.