El. prekybos operacijos gali būti tvarkomos keliais skirtingais būdais. Kai kurios parinktys yra identiškos toms, kurias naudoja įprastos mažmeninės prekybos parduotuvės, o kai kurios yra unikalios perkant internetu. Tai, kaip internetinis mažmenininkas pasirenka tvarkyti sandorius, visiškai priklauso nuo jos nuožiūra, nors klientų poreikiai ir pageidavimai paprastai atlieka pagrindinį vaidmenį pasirenkant, kokios sandorio galimybės yra siūlomos. Populiarios el. prekybos operacijų parinktys apima kredito korteles, debeto korteles, elektroninius čekius, dovanų korteles, internetines mokėjimo paslaugas ir atidėto mokėjimo planus. Kai kurios internetinės bendrovės vis dar priima asmeninius čekius ir kasos čekius, tačiau šios galimybės mažėja, nes mažmenininkui kainuoja jų apdorojimas laiko ir pinigų, be to, jos turi daugiau galimybių žlugti nei kitos mokėjimo galimybės.
Kadangi faktinio asmens, dalyvaujančio elektroninės prekybos sandoriuose, nėra, daugelis žmonių nerimauja dėl šios prekybos formos. Pirmosiomis elektroninės prekybos dienomis buvo apstu siaubo istorijų apie pavogtus kredito kortelių numerius, tapatybės vagystes ir atvirus vagystes, kurias vykdė nesąžiningi ir dažnai visiškai apgaulingi internetiniai mažmenininkai. Kadangi prekyba internetu buvo tokia nauja, saugumo galimybės buvo ribotos, o aklas pasitikėjimas dažnai buvo vienintelė galimybė vartotojams, norintiems pirkti svetainėje.
Šiandieninė internetinė verslo bendruomenė siūlo el. prekybos operacijas su daugybe integruotų saugos funkcijų. Banko kortelių numeriai yra užšifruoti, kad būtų išvengta vagysčių, o asmeninė informacija saugiai saugoma panašiais būdais. Nemažai įmonių teikia trečiųjų šalių apsaugą mažmeninės prekybos svetainėms ir garantuoja kompensaciją mažmenininkams ir vartotojams, jei jų sistemos sugestų.
Be pagrindinių kredito ir debeto kortelių priėmimo, daugelis interneto prekybos svetainių savo klientams siūlo ir kitų operacijų galimybių. Elektroniniai čekiai yra populiarūs kai kuriose el. prekybos verslo svetainėse, nors jie kainuoja prekybininkui papildomų apdorojimo išlaidų, be mokesčių, kuriuos ji turi sumokėti už kredito ir debeto kortelių pardavimą. Norėdami sumokėti elektroniniu čekiu, pardavėjas sugeneruoja fizinį čekį, naudodamas pirkėjo pateiktą banko informaciją, o čekis įvedamas į pardavėjo banko sąskaitą, kaip įprastas priešinis čekis.
Atidėtas mokėjimas yra dar viena galimybė, kurią renkasi kai kurie vartotojai. Ši parinktis suteikia galimybę pirkėjui gauti paslaugą ar prekę prieš sumokėdamas už ją, pateikdamas pardavėjui banko sąskaitos informaciją arba kredito ar debeto kortelės sąskaitos numerį, kad vėliau būtų atsiųsta sąskaita, jei sąlygos numato kelis mokėjimus. Šis metodas paprastai apima paslaugos mokestį, kurį pardavėjas turi sumokėti sandorio pradžioje.
Kai kurios el. prekybos svetainės parduoda dovanų korteles arba dovanų kuponus arba siūlo vartotojams nuolaidų kuponų kodus. Šie internetiniai mažmenininkai priima šiuos mokėjimo būdus už el. prekybos operacijas. Šie mokėjimo būdai apdorojami panašiai kaip mokėjimai kredito ar debeto kortelėmis.