Iš esmės yra trijų tipų el. prekybos programinė įranga: paruošta programa, pagal užsakymą koduojama programa ir programa, kurią teikia el. prekybos prieglobos įmonė. Šios parinktys gali būti toliau skirstomos į konkretesnius el. prekybos programinės įrangos tipus. Reliacinės duomenų bazės naudojimas, prieiga prie apskaitos programų iš programinės įrangos ir pirkinių krepšelio buvimas ar nebuvimas yra viena iš funkcijų, lemiančių skirtingus el. prekybos programinės įrangos tipus.
Sąvoka „e-commerce“ reiškia elektroninę prekybą arba galimybę parduoti ir pirkti prekes ir paslaugas naudojant interneto technologijas. Įmonės tipas ir dydis padeda nustatyti, kokio tipo el. prekybos programinės įrangos jai reikės. Pavyzdžiui, komercinei svetainei, kurioje parduodamos tik kelios prekės, gali neprireikti programinės įrangos su pirkinių krepšeliu, jei retai klientai perka daugiau nei vieną prekę ar paslaugą vienu metu. Kita vertus, didelėms įmonėms, siūlančioms daug skirtingų produktų, gali būti labai svarbu turėti programinę įrangą, kurioje yra pirkinių krepšelis. Klientai dažnai nori įsigyti keletą prekių ar paslaugų su vienu sandoriu.
Reliacinės duomenų bazės buvimas taip pat yra labai svarbus parduodant daugybę prekių ir paslaugų. Tai ypač aktualu, kai prekių yra įvairių dydžių, spalvų ir kiekių. Reliacinės duomenų bazės el. prekybos programinėje įrangoje gali būti laikomos inventorizacijos sistema, kurią galima greitai atnaujinti, neleidžiant klientams užsisakyti prekių, kurių nėra sandėlyje arba kurių nebereikia. Mažos įmonės gali būti suinteresuotos elektroninės prekybos programine įranga, kurioje yra integruota apskaitos programa.
Visi šie elektroninės prekybos programinės įrangos tipai turi būti atidžiai išnagrinėti, kad būtų galima įvertinti privalumus ir trūkumus. Paruoštą programinę įrangą dažniausiai renkasi asmenys arba labai mažos įmonės, neturinčios žinių apie žiniatinklio kūrimą. Privalumai apima laisvę koduoti programinę įrangą, kad ji atitiktų specifinius verslo poreikius ir poreikius. Tačiau reikalingos programavimo žinios ir geras hiperteksto žymėjimo kalbos (HTML) supratimas, nebent galima įsigyti žiniatinklio kūrėjo paslaugų. Tokio tipo programinę įrangą galima įsigyti nemokamai arba už tam tikrą mokestį.
Programinę įrangą, kuri nėra užkoduota nuo nulio, turi sukonfigūruoti arba „pataisyti“ kiekvienas asmuo arba įmonė, planuojanti ją naudoti. Priklausomai nuo programinės įrangos dydžio ir funkcijų, jos gali pakakti, tačiau mažam verslui ji gali būti „didelė“. Priglobtoms el. prekybos programoms gali reikėti mokėti įprastą mokestį, be to, gali būti taikomi programos naudojimo apribojimai.