Gėlavandenių akvakultūra reiškia gėlavandenių augalų ir gyvūnų auginimą. Daugelio rūšių žuvys, bestuburiai ir augalai auginami gėlavandenėse akvakultūros sistemose visame pasaulyje. Nors dauguma šių sistemų yra naudojamos maistui auginti, yra gėlavandenių akvakultūros ūkių, kurie specializuojasi dekoratyvinių žuvų ir augalų, laikomų akvariumuose ir tvenkiniuose, auginimu.
Gėlo vandens akvakultūroje paprastai naudojamos trys sistemos. Tvenkinių sistemoje, kurią lengviausia įrengti ir prižiūrėti, ūkininkai įveisia jauniklius esamuose arba žmogaus sukurtuose tvenkiniuose. Arba narvų sistema gali būti įrengta natūraliame vandens telkinyje, kuris yra per didelis, kad būtų lengva nuimti derlių. Dėl technologijų plėtros ūkininkai galėjo kontroliuoti vandens aplinką, naudodami recirkuliacinę sistemą. Ši sistema leidžia gaminti didelius kiekius ištisus metus, tačiau reikalauja didelių pradinių investicijų.
Tilapijos, kurios greitai auga ir yra gana ištvermingos žuvys, dažnai auginamos tvenkiniuose, nors puikiai auga bet kurioje akvakultūros sistemoje. Švelnaus skonio ir daug baltymų turinti tilapija yra populiari maistinė žuvis visame pasaulyje. Žuvys lengvai veisiasi ir valgo beveik viską, todėl jas lengva auginti. Kai kuriose pasaulio dalyse tilapijos netgi auginamos ryžių laukuose, todėl sutaupoma vietos ir daugeliui kaimo bendruomenių suteikiamas papildomas baltymų ir pajamų šaltinis. Vėžiagyviai, įskaitant vėžius ir krevetes, gali būti auginami ryžių laukuose kartu su tilapijomis.
Kita žuvų rūšis, kuri dažniausiai auginama, yra upėtakis. Upėtakiai, kuriems reikalingos tikslesnės sąlygos nei tilapijos, dažnai auginami recirkuliacinėse akvakultūros sistemose. Ūkyje auginami upėtakiai dažniausiai naudojami ežerų, upelių ir rezervuarų įžuvinimui, kad žmonės galėtų juos žvejoti. Upėtakių fermos taip pat parduoda šviežią žuvį bakalėjos parduotuvėms ir turgeliams.
Dekoratyvinės žuvys, nuo auksinių žuvelių iki cichlidų, yra veisiamos ir auginamos naudojant gėlavandenę akvakultūrą. Naudodami tuos pačius principus kaip ir didesnės recirkuliacinės sistemos, egzotinių žuvų augintojai turi kontroliuoti visus vandens aplinkos aspektus, kad galėtų klestėti mažiau atsparios rūšys. Akvariumo žuvų augintojai tiekia žuvis prekybai augintiniais.
Augalai taip pat gali būti auginami gėlavandenėse akvakultūros sistemose. Akvariumo ir tvenkinio augalai, tokie kaip lotosai ar vandens lelijos, dažnai auginami tvenkiniuose ar rezervuaruose. Be to, daugelis salų bendruomenių pradėjo naudoti akvaponines technologijas, kurios leidžia gėlavandenes žuvis ir augalus auginti simbiotinėje sistemoje. Akvaponikoje žuvų, dažnai tilapijų ar šamų, susidarančios atliekos suteikia maistinių medžiagų, reikalingų salotoms ar kitiems augalams, kuriuos galima valgyti ar parduoti, auginti.