Visi vaistai ir vakcinos sukelia šalutinį poveikį, nors kai kuriais atvejais jis yra labai lengvas ir gali būti nepastebimas. Paprastai hepatito B vakcinos šalutinis poveikis yra lengvas ir nekelia pavojaus, tačiau retais atvejais gali pasireikšti vidutinio sunkumo ar sunkus šalutinis poveikis. Hepatito B vakcina yra rekombinantinė vakcina, pagaminta iš sintetinių hepatito B viruso baltymų versijų. Tai nėra gyvas ar užmuštas virusas, todėl negali sukelti hepatito B infekcijos. Ši vakcina yra saugi beveik visiems žmonėms, įskaitant kūdikius, vaikus ir vyresnio amžiaus žmones.
Dažniausi hepatito B vakcinos šalutiniai poveikiai yra labai lengvi ir nepavojingi. Maždaug 25 procentai žmonių, kurie turi vakciną, pajus skausmą injekcijos vietoje. Maždaug vienas iš 15 žmonių turės 99.9 laipsnio Farenheito (37.7 laipsnio Celsijaus) ar aukštesnę temperatūrą.
Yra daug kitų galimų hepatito B vakcinos šalutinių poveikių, kurių dauguma yra reti arba nekelia pavojaus. Kvėpavimo sistemos šalutinis poveikis, kuris gali pasireikšti, yra kosulys, rinitas, viršutinių kvėpavimo takų infekcija, į gripą panašūs simptomai ir į astmą panašūs simptomai. Gali sutrikti regėjimas, atsirasti sąnarių ir raumenų skausmas arba sustingimas, padidėti limfmazgiai ir pasireikšti lengvos alerginės reakcijos. Nenormalūs kepenų funkcijos tyrimų rezultatai yra nedažnas šalutinis poveikis; apie sunkesnius kepenų sutrikimus, tokius kaip vėžys ar kepenų liga, šalutinis poveikis nepraneštas.
Sunki alerginė reakcija į hepatito B vakciną yra labai reta, pasireiškianti maždaug vienam iš 1.1 mln. Alerginio hepatito B vakcinos šalutinio poveikio simptomai yra dilgėlinė arba bėrimas, spaudimas krūtinėje, pasunkėjęs kvėpavimas ir veido, lūpų, liežuvio ar burnos patinimas. Jei asmuo, pasiskiepijęs nuo hepatito B, patiria šį šalutinį poveikį, jis turi nedelsdamas kreiptis į greitąją medicinos pagalbą.
Kitas galimas sunkus hepatito B vakcinos šalutinis poveikis yra nervų sistemos, širdies ir kraujagyslių sistemos bei imunologinis šalutinis poveikis. Širdies ir kraujagyslių sistemos šalutinis poveikis yra žemas kraujospūdis, alpimas, širdies plakimas ir greitas širdies plakimas. Imuninę sistemą gali paveikti autoimuninė liga, sisteminė raudonoji vilkligė arba vaskulitas, kai užsidega šalia infekcijos vietos esančios kraujagyslės.
Yra keletas galimų nervų sistemos šalutinių poveikių, kurie gali atsirasti po hepatito B vakcinos panaudojimo. Laikini lengvi simptomai yra galvos skausmas, svaigimas, galvos svaigimas, nemiga ir mieguistumas. Traukuliai ir uždegiminės nervų sistemos ligos, tokios kaip encefalitas ir mielitas, yra kitos galimos pasekmės. Išsėtine skleroze sergančių žmonių simptomai gali pablogėti po vakcinacijos nuo hepatito B.