Ileostomijos operacija apima žarnyno dalies nukreipimą, kad ji atsidarytų į maišelį. Tokia operacija atliekama, kai dėl vėžio ar kitų žarnyną pažeidžiančių ligų pašalinama dalis žarnyno. Yra įvairių tipų ileostomijos operacijos, o procedūra gali būti laikina, pavyzdžiui, kilpinės ileostomijos atveju, arba nuolatinė. Maišelis gali būti dirbtinis, nešiojamas išorėje, pavyzdžiui, atliekant galinę ileostomiją, arba jis gali būti pagamintas iš žarnyno ir laikomas kūno viduje, kaip yra žemyninės ileostomijos arba ileo-analinio maišelio atveju.
Esant tokioms sąlygoms kaip opinis kolitas ir Krono liga, imuninė sistema atakuoja žarnyną, sukeldama uždegimą, viduriavimą ir skausmą. Kai vaistai neveikia, gali prireikti ileostomos, kad būtų išvengta pažeistos žarnos, kad suvirškintas maistas patektų tiesiai į maišelį. Paprastai pacientams, sergantiems uždegiminėmis žarnyno ligomis, naudojama tam tikra ileostomijos operacija, žinoma kaip galutinė ileostomija. Ileostomijos pabaigoje žarnynas praeina per skylę pilvo odoje ir atsidaro į sintetinį maišelį, nešiojamą už kūno. Tai geriau nei metodai, kai vidinis maišelis sukuriamas iš kitos žarnos dalies, nes yra rizika, kad pats maišelis gali būti laiku paveiktas uždegiminės žarnyno būklės.
Kai žmogus serga žarnyno vėžiu, kartais tai reiškia, kad reikia pašalinti žarnyno dalį. Atsigavus likusioms žarnoms, žarnyną galima vėl sujungti. Gali būti naudojama laikina ileostomijos operacija, vadinama kilpine ileostomija, kai žarnos dalis yra prijungta prie pilvo paviršiaus skylės arba stomos. Tai leidžia išmatoms išeiti į maišelį, o likusiai žarnai išgyti. Ileostomijos apvertimo operacija leidžia uždaryti stomą ir dar kartą sujungti žarnas.
Ileo-analinis maišelis yra ileostomijos operacijos tipas, kai iš žarnų pagamintas maišelis sujungiamas su raumenimis aplink išangę. Jis naudojamas, kai pašalinamos paskutinės žarnos dalys, gaubtinė ir tiesioji žarna, ir leidžia palyginti normaliai išmatomis pasišalinti. Jei nepavyksta sukurti ileo-analinio maišelio, vietoj jo galima naudoti žemyninę ileostomą. Žemyno ileostomijoje maišelis susidaro iš žarnyno audinio ir yra pilvo viduje. Kadangi jo negalima ištuštinti kaip išorinio maišelio, odoje sukuriamas vožtuvas, per kurį galima įkišti vamzdelį turiniui išleisti.