Į galimų kodeino šalutinių poveikių sąrašą gali būti įtrauktas ir fiziškai, ir protiškai ar emociškai patirtas šalutinis poveikis. Kai kurie kodeino šalutiniai poveikiai gali būti tiesiogiai susiję su vaistu, pvz., vidurių užkietėjimas, galvos skausmas ir silpnumas. Kiti šalutiniai poveikiai gali būti atsakas į poveikį, pvz., dirglumas dėl nemigos. Be to, kai pacientas vartoja kodeiną, jam gresia priklausomybė ar priklausomybė, o tai gali sukelti papildomų šalutinių poveikių. Pacientas ir jo gydytojas turėtų aptarti visus šiuos galimus kodeino šalutinius poveikius, taip pat veiksmus, kurių pacientas turėtų imtis, kai jis tampa nepalankus arba sunkus.
Fizinis šalutinis kodeino poveikis gali būti galvos skausmas, pykinimas ar vėmimas, silpnumas, mieguistumas ar miego sutrikimas. Kiti fiziniai kodeino šalutiniai poveikiai gali būti traukuliai, sunku šlapintis, vidurių užkietėjimas ar viduriavimas, drebulys ir greitas ar nereguliarus širdies plakimas. Vartojant kodeiną, kai kurie žmonės gali patirti alerginių reakcijų, kurios gali apimti viską nuo kvėpavimo pasunkėjimo, niežulio ir bėrimų ar dilgėlinės, krūtinės skausmo ar veržimo ir kūno dalių, pvz., burnos ir veido, patinimų.
Psichinis ir emocinis kodeino šalutinis poveikis gali būti nerimas, nervingumas ir susijaudinimas. Kai kurie žmonės gali patirti lengvus ar sunkius nuotaikos pokyčius, pavyzdžiui, jausti euforiją ar prislėgtą, kai vartoja vaistus kodeinu. Kai kurie iš šių psichinių ir emocinių kodeino šalutinių poveikių gali būti atsakas į kitus kodeino padarinius, tokius kaip nemiga ar mieguistumas, arba jie gali būti patys šalutiniai poveikiai.
Papildoma rizika vartojant kodeiną yra įpročio formavimas, fizinė priklausomybė ir priklausomybė. Kodeino priklausomybė gali sukelti tokius pačius fizinius, psichinius ir emocinius šalutinius poveikius, kaip išvardyti aukščiau, taip pat naujus su priklausomybe susijusius šalutinius poveikius. Pavyzdžiui, jei pacientas tampa priklausomas ir priklausomas nuo kodeino, jam gali prasidėti kūno skausmai, skrandžio spazmai, dirglumas ir kiti įprasti abstinencijos simptomai.
Paprastai gydytojai skiria kodeino vaistus tokiomis dozėmis, kurios yra tinkamos kiekvienam pacientui ir jo medicininei problemai. Kol pacientas vartoja vaistus, gydytojas stebės veiksmingumą, šalutinį poveikį ir dozę, kad įsitikintų, jog vaistas veikia tinkamai ir pacientas netaps priklausomas. Vis dėlto yra vietos klaidoms. Prieš pradėdami vartoti bet kokį vaistą, gydytojai ir pacientai turi aptarti galimą šalutinį poveikį ir kitą riziką, ypač tam, kad pacientai suprastų, kada jie turėtų nutraukti vaisto vartojimą ir kreiptis į gydytoją. Kol jie vartoja kodeiną, pacientai turi palaikyti ryšį su savo gydytojais ir būti pasirengę aptarti kiekvieną neigiamą šalutinį poveikį ir susirūpinimą dėl priklausomybės.