Malabsorbcijos simptomai atsiranda, kai organizmo virškinamojo trakto sistema neveikia normaliai ir nesugeba pasisavinti bei panaudoti su maistu gaunamų maistinių medžiagų. Tai skiriasi nuo scenarijų, kai žmonės nevartoja pakankamai maistingo maisto, tačiau daugeliu atvejų tie, kuriems yra malabsorbcija, valgo tinkamą mitybą. Prastas įsisavinimas, kurį gali sukelti daugybė sąlygų, reiškia, kad organizmas netinkamai naudoja gaunamą maistą. Trumpalaikį malabsorbcijos atvejį gali lydėti nedideli simptomai, pvz., kelias dienas trunkantis nemalonus kvapas viduriavimas ir silpnumas. Be to, simptomai gali tapti labai rimti, jei būklė yra lėtinė, nes beveik visos kūno sistemos kenčia nuo pagrindinių maistinių medžiagų ir vitaminų trūkumo.
Vienas iš ryškiausių malabsorbcijos simptomų yra išmatų išvaizdos pasikeitimas, o tai dažnai yra pirmasis problemų požymis. Kai kurie žmonės dažnai viduriuoja vandeningai, o kiti turi požymių, kad išmatose yra perteklinis riebalų kiekis, kuris tampa šviesios spalvos ir gali prilipti prie tualeto dubenėlio arba plūduriuoti vandens viršuje. Itin stambios išmatos, kai suvartojamas normalus maisto kiekis, taip pat gali reikšti, kad organizmas eikvoja, o ne naudojasi gaunama mityba. Išmatų išvaizdos pokyčius dažnai lydi kiti žarnyno simptomai, tokie kaip pilvo mėšlungis, dujų susidarymas ir rėmuo.
Daugeliui žmonių, kuriems laikinai sutriko skrandis dėl skrandžio gripo ar lengvos per maistą plintančios ligos, kelias dienas gali pasireikšti malabsorbcijos simptomai. Jei būklė tampa lėtinė, šie ankstyvieji simptomai linkę pablogėti ir išryškėti kiti prastos mitybos pasisavinimo požymiai. Tie, kuriems yra lėtinė malabsorbcija, gali pastebėti tokius dalykus kaip nepaaiškinamas svorio kritimas. Vaikai gali vėluoti augti arba jiems gali būti diagnozuotas nepakankamas vystymasis.
Konkretesni malabsorbcijos simptomai gali priklausyti nuo problemos priežasties ir maistinių medžiagų, kurios nėra absorbuojamos. Kai kurios priežastys reiškia, kad virškinimo sistema nesugeba įsisavinti kai kurių maistinių medžiagų, tačiau slenkstis absorbuoja kitas. Įvairios kūno sritys, kurios priklauso nuo konkrečių maistinių medžiagų, gali būti labiausiai paveiktos, kai šio tipo malabsorbcija yra lėtinė. Kalcio trūkumas gali turėti įtakos kaulų augimui, tankiui ir stiprumui; mažas baltymų kiekis sukelia vandens susilaikymą, o geležies, folio rūgšties arba vitamino B12 trūkumas gali sukelti įvairių formų anemiją, dėl kurios atsiranda silpnumo ar nuovargio jausmas.
Daugeliu atvejų malabsorbcijos simptomai rodo daugelio maistinių medžiagų trūkumą. Anemija, kaulų silpnumas ir vandens susilaikymas gali būti kartu. Jei į šiuos simptomus ir toliau neatsižvelgiama, gali kauptis kelių kūno sistemų pažeidimai. Blogesniais atvejais tiems, kuriems nuolat trūksta maistinių medžiagų, gali atsirasti inkstų problemų ar net širdies nepakankamumas. Svarbu diagnozuoti priežastį ir, jei įmanoma, gydyti. Tuo pačiu metu žmonėms, kenčiantiems nuo malabsorbcijos, reikia kitų mitybos paramos priemonių, kad kompensuotų trūkstamas maistines medžiagas.