Medicininiai abliatoriai yra cheminės medžiagos ir instrumentai, kurie paveikia audinius itin žemoje arba karštoje temperatūroje. Audiniai miršta iš karto, kai yra paveikti kauterizacijos arba užšalimo, o chirurgai gali lengvai pašalinti audinį. Abliacijos procedūros paprastai yra mažiau invazinės ir reikalauja trumpesnio atkūrimo laiko nei kitos chirurginės procedūros. Gydytojai gali atlikti medicininę abliaciją bet kurioje kūno vietoje – nuo odos paviršiaus iki giliai esančių audinių.
Širdies chirurgai hipertropinei kardiomiopatijai gydyti atlieka medicinines abliacijos procedūras naudodami alkoholį. Pacientams, kuriems diagnozuota ši būklė, sustorėja širdies pertvaros sienelė. Gydytojai paprastai atlieka procedūrą katerizavimo laboratorijoje, kai pacientas yra pabudęs, bet šiek tiek raminamas. Vadovaudamasis vaizdo gavimo technologija, kardiologas įveda kateterį per kraujagysles, vedančias į širdį. Per kateterį suleidžiamas alkoholis liečiasi su sustorėjusia sienele, sunaikindamas ir susitraukdamas išsiplėtusį audinį.
Dermatologai naudoja chemines medžiagas dermabrazijos ir mikrodermabrazijos procedūroms. Šio tipo medicininė abliacija sukelia odos lupimąsi. Krioabliacija argono dujomis taip pat naudojama norint užšaldyti nepageidaujamus biologinius audinius iki minusinės temperatūros. Sušalęs audinys sukietėja, o specialistai abrazyviniu šepetėliu arba deimantiniu ratuku pašalina audinį sluoksnis po sluoksnio. Pacientams gali būti atliekama paviršiaus abliacija dėl spuogų randų, smulkių raukšlių ar nenormalių auglių.
Chirurgai taip pat naudoja krioabliaciją, kad sunaikintų vidinius navikus iki 2 colių (5 centimetrų) skersmens. Per nedidelį pjūvį gydytojai įkiša tuščiavidurę lazdelę. Vadovaujantis kompiuterine tomografija ar ultragarsu, lazdelė patenka į naviko vietą ir į naviką išskiria šąlančias dujas. Ląstelės miršta kontakto metu ir tampa nekenksmingu randų audiniu.
Medicininė abliacija kartais apima lazerio ar radijo dažnio terapiją. Operacijos metu gydytojai vietoj įprastų skalpelių naudoja lazerius, kad sudegintų ir pjaustytų audinius, be to, kauterizuoja kraujagysles. Lazeris taip pat dažnai naudojamas vietinėms kosmetinėms procedūroms. Radijo dažnio abliacija, dar žinoma kaip Cobalation®, naudoja radijo bangų ir fiziologinio tirpalo derinį, sukuriantį šildomą plazmos lauką tarp dviejų elektrodų. Audinys, veikiamas šio plazmos lauko, iš karto išgaruoja.
Kardiologija, ginekologija ir otolaringologija yra kai kurios sritys, kurios pašalina nenormalius audinius naudojant kontroliuojamą radijo dažnio abliaciją. Kardiologai koreguoja nenormalų širdies ritmą blokuodami netaisyklingus širdies elektros takus. Ginekologai gali pašalinti gimdos fibroidinius navikus naudodami Coblation®. Ausų, nosies ir gerklės specialistai šiuo metodu dažniausiai šalina tonziles ir adenoidus arba koreguoja gomurio defektus, sukeliančius miego apnėją ar knarkimą.