Medicininių atliekų išvežimas reikalauja ypatingo atsargumo dėl labai pavojingų medicininių ir biomedicininių atliekų pobūdžio. Tokio tipo atliekose gali būti pavojingų skysčių, kietų medžiagų, cheminių medžiagų ir aštrių daiktų. Netinkamai šalinamos medicininės atliekos gali kelti rimtą pavojų sveikatai ir aplinkai. Yra keletas teisingų ir gana saugių biologiškai pavojingų medžiagų pašalinimo ir sunaikinimo metodų, įskaitant atskyrimą į suderintas spalvas, paženklintas ir sandariai uždarytas talpyklas; sterilizavimas garais; deginimas; ir smulkinimas.
Medicininės atliekos pirmiausia atsiranda ten, kur gydomos ir diagnozuojamos ligos arba kur tvarkomi negyvi žmonės ir gyvūnai. Įprastos vietos, kur reikia reguliariai išvežti medicinines atliekas, yra ligoninės, ligoninių priežiūros įstaigos, morgai, laboratorijos ir veterinarijos biurai. Įstaiga dažnai pasikliauja išoriniais rangovais dėl medicininių atliekų šalinimo ir tvarkymo, o ne bando jomis pasirūpinti patys.
Dauguma medicininių atliekų išvežimo būdų turi prasidėti patalpose, kuriose jos gaminamos. Įvairių rūšių pavojingų medžiagų pradiniam izoliavimui paprastai taikomos griežtos procedūros, daugiausia apimančios jų atskyrimą nuo kitų rūšių atliekų. Pavyzdžiui, adatos ir kiti aštrūs daiktai turi būti renkami į specialiai paženklintus ir spalvotus konteinerius; tas pats pasakytina ir apie kitus biologinius pavojus, pvz., skerdenas, chemines medžiagas, toksinus ir virusų užterštumą. Tai ne tik padeda išmesti daiktus, bet ir užkerta kelią kryžminiam įvairių formų biologinio pavojaus užteršimui.
Daugkartinio naudojimo medicinos įrangos valymas ir sterilizavimas yra dar viena medicininių atliekų šalinimo forma. Tai populiarūs metodai, leidžiantys saugiai ir toliau naudoti brangią įrangą. Valymo metodai apima sterilizavimą mikrobangų krosnelėje, garą ir cheminį valymą. Pavyzdžiui, žmogaus kraujas paprastai gali būti pilamas į įprastą kanalizaciją po to, kai jis sterilizuojamas garais.
Surinktas medicinines atliekas dažnai reikia sunaikinti, kad jos negalėtų grįžti į aplinką. Deginimas yra populiarus medicininių atliekų naikinimo būdas, kai jos įvedamos į itin aukštą temperatūrą ir detoksikuojamos. Tačiau tai taikoma tik tam tikroms medicininių atliekų rūšims; kai kurių rūšių deginimas gali patekti į orą kitų pavojingų medžiagų, tokių kaip gyvsidabris ar dioksinas. Panašiai aštrūs daiktai gali būti išlydyti arba susmulkinti, kad sumažėtų pavojingesnių situacijų ir aplinkos nelaimingų atsitikimų tikimybė.
Daugelyje šalių pavojingų atliekų išvežimą reguliuoja vyriausybė, siekdama užtikrinti bendrą piliečių saugumą ir gerovę. Pavyzdžiui, Jungtinėse Valstijose Aplinkos apsaugos agentūra (EPA) nustato saugaus pavojingų atliekų išvežimo, transportavimo ir naikinimo taisykles ir gaires. Jungtinėje Karalystėje tokias gaires teikia Aplinkos agentūra.