Yra keletas naujagimių tyrimų metodų, įskaitant tyrimus su kūdikiais gimimo metu ir netrukus po jo. Dėl etinių problemų tokios galimybės kaip eksperimentiniai tyrimai yra sudėtingos ir kartais neįmanomos, todėl žmonės turi kūrybiškai planuoti tyrimus, kad gautų reikiamus duomenis. Šioje srityje dirbantys mokslininkai gali būti gydytojai, epidemiologai ir tokie žmonės kaip sociologai, kurie domisi didesnėmis socialinėmis naujagimių sergamumo ir mirtingumo pasekmėmis.
Dauguma naujagimių tyrimų apima stebėjimo tyrimus. Užuot sukūrę eksperimentines sąlygas teorijoms išbandyti ir tyrinėti, mokslininkai sutelkia dėmesį į dominančios populiacijos stebėjimą. Jie gali įdarbinti tiriamuosius nuo pat pradžių prašydami tėvų leidimo naudoti savo kūdikius moksliniams tyrimams, taip pat gali atlikti retrospektyvius tyrimus. Atliekant retrospektyvinį tyrimą, medicininiai įrašai ir kita medžiaga, susijusi su populiacija, pvz., kūdikiais, mirštančiais nuo staigios kūdikių mirties sindromo, arba kūdikiams, turintiems kaukolės ir veido defektų, yra tiriami po to, kad būtų renkama informacija.
Taip pat galima įtraukti kūdikius į klinikinius tyrimus, jei jie yra kruopščiai suprojektuoti. Žmonės, norintys sukurti naujas operacijas, medicinos prietaisus ir kitus gydymo būdus, galiausiai turi dirbti su žmonėmis, kad pamatytų, ar gydymas yra veiksmingas, ir nustatytų problemas, kurias reikia spręsti. Šiuose tyrimuose žmonės įdarbina pacientus aptardami tyrimą su savo tėvais. Tėvai gali nuspręsti, ar nori pratęsti sutikimą. Placebo vartojimas gali būti ribojamas dėl etinių priežasčių. Tėvai, nusprendę dalyvauti tokio tipo naujagimių tyrimuose, gali gauti naujų gydymo būdų ir gauti nemokamą priežiūrą.
Naujagimių tyrimai taip pat gali apimti duomenų rinkimo tyrimus, kuriuose bendraujama su tėvais ir priežiūros paslaugų teikėjais, siekiant daugiau sužinoti apie kūdikių gyvenimo kokybę ir konkrečias sveikatos problemas konkrečioje visuomenėje. Tai gali apimti apklausas ir interviu. Šio tipo naujagimių tyrimai gali būti naudojami stebėjimo tyrimams, pvz., medicininių įrašų peržiūrai, paremti; tyrėjas gali ginčytis, pavyzdžiui, kad aplinkos sąlygos, atskleistos apklausoje, yra susijusios su neįprastai dideliu ar mažu susirgimų dažniu.
Kaip ir atliekant visus medicininius tyrimus, naujagimių tyrimai negali būti atliekami be sutikimo, o dalyviai turi būti visapusiškai informuoti. Kadangi kūdikiams trūksta teisinio veiksnumo suprasti ir sutikti su tyrimu, jų tėvai turi teisę veikti jų vardu. Viena ypač jautri naujagimių tyrimų sritis yra kūdikių skrodimas. Tai gali būti vertingas medicininis mokymas ir svarbi informacija, tačiau žmonės dažnai nenori prašyti tėvų sutikimo skrodimui. Keletas tyrimų iš tikrųjų rodo, kad tėvai dažnai laisva valia sutinka, kai klausia arba yra informuoti apie galimybę atlikti skrodimą, ne tik atlikti tolesnius medicininius tyrimus, bet ir suprasti aplinkybes, lėmusias naujagimio mirtį.