Peptidai yra didelės polipeptidinės grandinės, susidedančios iš iki 50 aminorūgščių, kurios gali būti klasifikuojamos pagal funkciją ir sintezę. Kai kurie įprasti peptidų tipai, klasifikuojami pagal funkcijas, yra hormonai, neuropeptidai ir alkaloidai. Kai peptidai klasifikuojami sintezės būdu, jie gali būti ribosominiai, neribosominiai ir peptoniniai. Peptidų klasifikavimo sistema laikoma netobulu mokslu, nes vienas peptidas vienu metu gali priklausyti kelioms grupėms, o mokslininkai ir toliau ginčijasi, kada peptidas turėtų būti klasifikuojamas kaip baltymas, ar baltymas kaip peptidas. Daugelis mokslininkų sutinka, kad peptidas nelengvai prisitaiko prie konkretaus modelio, o baltymas savo prigimtimi labiau skiriasi nuo konformacijos.
Hormonai, viena iš labiausiai paplitusių peptidų klasifikacijų žmogaus kūne, yra specifinės pasiuntinių molekulės, naudojamos ląstelių komunikacijai. Hormonai identifikuojami kaip tokie, nes juos išskiria ir sintetina specializuotos ląstelių grupės, vadinamos endokrininėmis liaukomis. Po sekrecijos hormonų peptidai keliauja į tikslinius organus, kur veikia. Hormono forma yra konkrečiai susijusi su atitinkamo tikslinio organo ląstelių membranų receptoriais. Pavyzdžiui, hormonų peptidai gliukagonas ir insulinas turi specifines receptorių vietas kepenyse, kurios padeda jiems kontroliuoti cukraus kiekį kraujyje.
Neuropeptidai yra plačiai paplitę organizmo centrinėje ir periferinėje nervų sistemoje ir atlieka specifines slopinimo ir sužadinimo funkcijas. Neuropeptidai veikia taip pat, kaip ir neurotransmiteriai, tokie kaip serotoninas ir dopaminas. Viena iš labiausiai žinomų neuropeptidų klasių yra endorfinai. Manoma, kad endorfinai yra endogeniniai organizmo skausmą malšinantys vaistai, dažnai lyginami su vaistu morfinu.
Dalis endorfinų funkcijos apima kito neuropeptido – substancijos P, kuri perduoda skausmo signalus iš periferinės nervų sistemos į centrinės nervų sistemos imtuvus, slopinimą. Kartais neuropeptidai gali veikti kaip hormonai tam tikrose kūno sistemose.
Kalbant apie peptidų klasifikaciją dėl jų sintezės, dauguma jų yra ribosominio tipo; šis peptido tipas susintetinamas, kai ląstelėje yra transliuojama ribonukleino rūgštis (mRNR). Transliacijos metu vyksta cheminis procesas, kai viena aminorūgšties karboksilo grupė susijungia su kita aminorūgštimi ir sukuria aminorūgščių grandinės pradžią. Ribosominiai peptidai dažnai susideda iš 30–40 aminorūgščių, sujungtų kartu. Neribosominio tipo peptidai sintetinami, kai yra fermentinių katalizatorių. Peptoniniai peptidai yra reti ir susidaro organizme vykstant virškinimo procesams.