Priklausomai nuo infekcijos sunkumo ir paciento poreikių, yra keletas pilonidinių cistų gydymo metodų. Kai kuriais atvejais asmuo, turintis užkrėstą cistą, gali atlikti pagrindinį pilonidinės cistos gydymą namuose. Kitais atvejais gydymas gali būti atliekamas, kai gydytojas nusausina cistą ir supakuoja žaizdą. Sunkiausiais atvejais gali prireikti operacijos. Chirurginis pilonidinės cistos gydymas paprastai skirstomas į dvi grupes: atviros žaizdos chirurgija ir uždaros žaizdos chirurgija.
Daug kartų, jei cista nėra užkrėsta, pilonidinės cistos gydymas gali būti atliekamas namuose be medicininės intervencijos. Pacientai turi reguliariai plauti vietą ir laikyti ją sausą, kad išvengtų infekcijos. Nuskinti plaukelius, kai jie atsiranda toje vietoje, taip pat galima išvengti infekcijos. Daugeliu atvejų, jei galima išvengti infekcijos, galima išvengti ir agresyvesnių gydymo būdų, tokių kaip chirurgija.
Daugeliu atvejų prireiks medicininės intervencijos. Pirminės sveikatos priežiūros gydytojas paprastai pradeda gydyti užkrėstą pilonidinę cistą užkrėstą vietą užtepdamas vietiniu anestetiku, kad cista nutirptų. Tada gydytojas atidarys cistą, nusausins skystį, išvalys abscesą ir suvynios žaizdą. Paprastai toks gydymas veiksmingai išgydo būklę, tačiau pakuotę reikia dažnai keisti, kol žaizda užgis.
Sunkiausiais atvejais pilonidinės cistos gydymas gali apimti operaciją. Chirurgija paprastai rekomenduojama po to, kai mažiau agresyvus gydymas buvo nesėkmingas. Daugeliu atvejų, jei cista vėl atsiranda po to, kai gydytojas nusausino, išvalo ir supakuoja žaizdą, chirurgija gali būti kitas geriausias pasirinkimas. Pilonidalinės cistos operacija paprastai atliekama ligoninėje, o ne gydytojo kabinete. Daugeliu atvejų tai bus ambulatorinė operacija. Yra dviejų tipų operacijos: atviros žaizdos chirurgija ir uždaros žaizdos chirurgija.
Atliekant atviros žaizdos operaciją, chirurgui išvalius abscesą, žaizda paliekama atvira. Ši operacijos forma gali apimti techniką, vadinamą marsupialization. Taikant šią techniką, atliekamas chirurginis pjūvis, po to cista nusausinama ir išvaloma. Tada chirurgas, naudodamas žaizdos kraštus, sukuria į maišelį panašų atvartą. Atviros žaizdos operacijos žaizdos supakuoti nereikia, tačiau gali prireikti vieno ar dviejų mėnesių, kol jis visiškai užgis.
Kita operacijos forma yra uždarų žaizdų chirurgija. Tai apima cistos atidarymą, nusausinimą ir valymą, panašiai kaip ir kiti gydymo būdai. Skirtingai nuo kitų gydymo būdų, chirurgas, atliekantis uždarų žaizdų operaciją, iš tikrųjų uždaro žaizdas siūlėmis. Paprastai ji gyja greičiau nei kitos operacijos formos, tačiau taip pat yra didesnė tikimybė, kad cista galiausiai vėl atsiras po tokio tipo operacijos.
Atlikus bet kokį gydymą, svarbu prižiūrėti žaizdą, kad būtų išvengta infekcijos ir pasikartojimo. Dėl to pacientas turi išvalyti ir nuplauti aplink pjūvį, vadovaudamasis gydytojo patarimu. Be to, ant vietos negalima tepti kremų, aliejų ar kitų tirštų tepalų. Taip pat geriausia sėdėti tik trumpą laiką, jei įmanoma.