Yra daugybė planšetinių kompiuterių programinės įrangos tipų šimtuose kategorijų, tačiau pagrindiniai skirtumai tarp jų yra planšetinio kompiuterio operacinėje sistemoje. 2011 m. yra trys pagrindinės planšetiniams kompiuteriams skirtos operacinės sistemos. Tai yra Apple® iOS®, Google™ Android™ ir Microsoft® Windows®.
„Apple®“ programinė įranga yra pati populiariausia, pagrįsta pardavimais, ir yra plačiai laikoma pažangiausia ir paprasta naudoti. Apple® siūlo daugiau programų nei bet kuris kitas planšetinių kompiuterių programinės įrangos gamintojas. Tačiau Apple® niekintojams nepatinka nesuderinamumas su daugeliu interneto svetainių arba uždara sistema, kuri leidžia integruoti tik su patentuotais komponentais ir programine įranga.
Android™ planšetinių kompiuterių programinė įranga populiarėja, o galimų programų skaičius sparčiai didėja. „Android™“ programos paprastai yra labiau suderinamos su tam tikromis svetainėmis, pvz., tomis, kuriose naudojama „Adobe® Flash®“ programinė įranga, nei su „Apple®“ analogais. Android™ nesiūlo beveik tiek programų, kiek Apple® planšetiniams kompiuteriams, tačiau tai keičiasi, nes vis daugiau vartotojų perka planšetinius kompiuterius su Android™. Daugelis programų, skirtų mobiliesiems telefonams su Android™, yra suderinamos su planšetiniais kompiuteriais; tačiau funkcionalumas dažnai prarandamas įdiegus planšetiniame kompiuteryje. Pavyzdžiui, „Android™“ pagrįsta telefono programa planšetiniame kompiuteryje gali pasirodyti maža ir neužpildyti viso planšetinio kompiuterio ekrano.
„Windows®“ pagal pasiekiamas programas atsilieka nuo kitų pagrindinių planšetinių kompiuterių programinės įrangos žaidėjų. „Windows®“ pagrindu veikiančių planšetinių kompiuterių šalininkai pageidauja, kad jų planšetinių kompiuterių programinė įranga būtų suderinama su asmeniniais kompiuteriais, kad būtų lengviau dalytis failais. „Windows®“ programinę įrangą naudoja dauguma pasaulio įmonių, todėl daugelis įmonių pasirenka naudoti „Windows®“ pagrindu veikiančius planšetinius kompiuterius.
Be skirtingų operacinių sistemų, planšetinio kompiuterio programinė įranga taip pat turi daug skirtingų funkcijų. Žmonės naudoja planšetinio kompiuterio programas muzikai ir vaizdo įrašams saugoti, tvarkyti ir leisti; naršyti keliones; bendrauti el. paštu ir pranešimų siuntimo paslaugomis; ir naršyti internete. Viena iš populiariausių planšetinių kompiuterių programinės įrangos rūšių yra žaidimų programos.
Beveik kiekviename planšetiniame kompiuteryje yra iš anksto įdiegta keletas pagrindinių programinės įrangos programų. Paprastai tai apima naršyklę, medijos leistuvą ir el. pašto programą. Paprastai tai yra patentuotos programos, priklausančios įmonei, kuriai priklauso planšetinio kompiuterio operacinė sistema.
Tačiau yra tūkstančiai kitų planšetinių kompiuterių programinės įrangos programų, kurios yra sukurtos ir priklausančios išorės pardavėjams. Tai vadinama trečiųjų šalių programomis. Trečiųjų šalių programos gali pakeisti patentuotas programas, padaryti planšetinio kompiuterio programas labiau suderinamas su kitomis operacinėmis sistemomis arba pasiūlyti visiškai naują programą, kurios nepateikia planšetinio kompiuterio gamintojas.