Protinio atsilikimo tipai paprastai skirstomi į penkias kategorijas, kurias sukelia genetinės mutacijos ar anomalijos, kurios išsivysto prieš gimimą. Tai apima kaukolės anomalijas, kretinizmą, fenilketonuriją (PKU), Dauno sindromą ir nesidrominį protinį atsilikimą. Visų tipų protinis atsilikimas paprastai sukelia protinį vėlavimą, išmatuotą intelekto koeficiento testais. Dažnai protinį atsilikimą turintys žmonės taip pat patiria vystymosi vėlavimą, o tai turi įtakos jų gebėjimui atlikti pagrindinius gyvenimo įgūdžius.
Dauno sindromas yra vienas iš protinio atsilikimo tipų, kurį sukelia papildoma chromosoma gimimo metu. Kartais vadinami mongoloidais, vaikai, gimę su šiuo defektu, paprastai turi plokščią veidą ir nosį, kuri atrodo per plati. Akys paprastai yra nuožulnios, o liežuvis atrodo didesnis nei įprastai. Kitos fizinės savybės yra trumpas kaklas ir rankos su stačiais pirštais. Abiejų rankų mažieji pirštai gali būti išlenkti.
Dauno sindromo nėra išgydoma, tačiau ankstyva intervencija gali padėti žmonėms, sergantiems šia liga, gyventi produktyviau ir susidoroti su negalia. Daugelis pacientų, sergančių šiuo sutrikimu, suaugę gyvena iš dalies savarankišką gyvenimą, jų gyvenimo trukmė iki 55 metų. Vienintelė žinoma rizika, susijusi su šiuo genetiniu sutrikimu, yra motinos amžius, kai ji pastojo. Vyresnės nei 45 metų moterys turi didesnę tikimybę pagimdyti vaiką su Dauno sindromu.
Kai kurios protinio atsilikimo rūšys atsiranda dėl galvos dydžio gimimo metu arba netrukus po jo. Vaikams, gimusiems su makrocefalija, paprastai išsivysto neįprastai didelės galvos ir smegenys. Mikrocefalija reiškia, kad smegenys ir galva nesugeba normaliai augti, o ją gali sukelti infekcija arba moters spinduliuotė nėštumo metu. Kūdikiams, gimusiems su mikrocefalija, paprastai išsivysto kūgio formos galvutės, atsitraukiančios kaktos ir smakrai. Hidrocefalija apibūdina retą būklę, kai smegenyse susikaupia per daug cerebrospinalinio skysčio.
Kretinizmas yra viena iš protinio atsilikimo rūšių, susijusių su skydliaukės sutrikimu. Tai gali sukelti endokrininės sistemos trūkumą, jei vaisius nepasisavina pakankamai jodo. Gausus kraujavimas gimimo metu ir kai kurios ligos taip pat gali sukelti kretinizmą, įskaitant tymus, difteriją ir kokliušą.
PKU atsiranda vaikui, gimusiam be kritinio fermento, kuris skaido baltymus. Be šios cheminės medžiagos kraujyje kaupiasi aminorūgštys, kurios gali pakenkti smegenims. Simptomai paprastai pasireiškia nuo šešių iki 12 mėnesių po gimimo kaip protinis atsilikimas. Sutrikimai kyla dėl recesyvinio genų veikimo sutrikimo, paveldėto iš abiejų tėvų. PKU testas iš karto po gimimo gali nustatyti sutrikimą, kurį galima gydyti laikantis dietos, siekiant sumažinti smegenų pažeidimo sunkumą.
Nesindrominis protinis atsilikimas yra labiausiai paplitęs iš visų protinio atsilikimo tipų. Tai atsiranda, kai genas, atsakingas už atmintį ir mokymąsi, neveikia normaliai. Paprastai fizinių šio sutrikimo požymių nėra, o tai nėra genetinė. Mutacija paprastai įvyksta vaiko smegenyse jam vystantis.