Kokie yra skirtingi RNR izoliavimo rinkinių tipai?

Dauguma ribonukleino rūgšties (RNR) išskyrimo rinkinių gali išskirti aukštos kokybės RNR iš įvairių audinių ir organizmų tipų, įskaitant augalus, gyvūnus ir virusus. Mitochondrijų ir ribosomų RNR – atitinkamai mRNR ir rRNR – gali prireikti specializuotų RNR išskyrimo rinkinių, būdingų mažoms RNR grandinėms. Kiti veiksniai, kurie gali skirtis įvairiuose izoliavimo rinkiniuose, yra mėginių kiekis, kurį kiekvienas rinkinys gali apdoroti, ir laikas, kurio reikia norint visiškai apdoroti mėginį.

Dažniausiai pasitaikantys RNR išskyrimo rinkiniai gali būti naudojami įvairiems tikslams, neatsižvelgiant į tai, iš kur gaunama RNR. Žinduolių ląstelės ir audiniai yra vieni iš labiausiai paplitusių šaltinių, naudojamų RNR išskyrimui ir gryninimui. Augalų ląstelės ir virusai taip pat naudojami molekulinės biologijos eksperimentuose, kuriems reikalingas RNR izoliavimo rinkinys.

Paėmus audinio arba kraujo mėginį, jis turi būti paruoštas RNR išskyrimui vykstant kritiniam procesui, vadinamam ląstelių degradacija, atskyrimu arba ardymu. Jei ląstelinė medžiaga nėra visiškai suardyta, RNR išskyrimo procesas gamins mažiau RNR. Geriausi RNR išskyrimo rinkiniai apima medžiagas ir reikmenis, skirtus ląstelių skaidymui prieš išskyrimą ir RNR gryninimui po išskyrimo.

Ypatingais atvejais, kai eksperimentui reikia mRNR arba rRNR, RNR grandinėms, kurios yra ypač mažos, yra specialūs RNR išskyrimo rinkiniai. Į tokį rinkinį įtrauktos medžiagos ir reikmenys gali skirtis pagal kiekį ir dydį. Šie RNR išskyrimo rinkiniai yra mažiau paplitę nei daugiafunkciniai RNR rinkiniai, todėl jų kaina gali labai skirtis.

Daugelis įprastų RNR izoliavimo rinkinių yra skirti naudoti su visų tipų audiniais ir ląstelėmis ir gali užbaigti reakciją per maždaug 20 minučių. Laikas, kurio reikia visiškam ląstelių skilimui, gali skirtis priklausomai nuo to, kurioje organizmo vietoje ląstelės buvo surinktos. Be ląstelių degradacijos etapo, RNR išskyrimo procesas ir vėlesnis valymas yra gana standartiniai procedūros ir laiko atžvilgiu.

Kita ypatybė, kuri gali būti būdinga tam tikriems rinkiniams, yra mėginio kiekis, reikalingas reakcijai apdoroti. Kai kuriems izoliavimo rinkiniams gali prireikti palyginti didelio mėginio tūrio, kiti rinkiniai gali gerai veikti su mažesniu kiekiu. Šis skirtumas gali būti pranašumas, jei mėginio tūris yra ribojantis veiksnys.
Kai kurie RNR izoliavimo rinkinių gamintojai internete turi palyginimo lenteles. Šios diagramos gali būti naudojamos norint pamatyti skirtumus tarp įvairių jų gaminamų rinkinių. Skirtumai gali apimti specializuotus naudojimo tipus, chemines medžiagas ir reikiamus mėginių kiekius.