Sistemos administratoriaus programinė įranga paprastai apima daugybę programų, skirtų stebėti veiksmus sistemoje ir reaguoti į įvykius ar iškilusias problemas. Į įprastas programas įtraukiami įrankiai, kuriuos gali naudoti administratorius, kad galėtų valdyti nuotolinį terminalą, ir programinė įranga paskyroms ir slaptažodžiams tvarkyti. Yra sistemos administratoriaus programinės įrangos tipai, naudojami kaip atsarginės kopijos ir atkūrimo įrankiai duomenims apsaugoti, ir programos, užtikrinančios apsaugą nuo kenkėjiškos programinės įrangos. Kiti įrankiai gali apimti tinklų nustatymo ir stebėjimo bei prieigos prie jų valdymo paslaugas.
Daugelis sistemos administratoriaus programinės įrangos programų yra sukurtos kaip įrankiai darbui su kompiuteriais, kurie yra tinklo dalis. Tokiomis sąlygomis nuotolinio darbalaukio programos gali būti gana veiksmingos. Šio tipo programinė įranga leidžia administratoriui perimti kompiuterio valdymą tinkle ir šalinti problemas naudojant programą. Tokia sistemos administratoriaus programinė įranga netgi gali leisti visiškai valdyti klaviatūrą ir pelę, tarsi administratorius iš tikrųjų sėdėtų prie nuotolinio terminalo.
Taip pat yra daug programų, skirtų paskyroms sistemoje priskirti ir valdyti. Tai gali būti sistemos administratoriaus programinė įranga, naudojama greitai sukurti ir platinti naudotojų vardus bei nustatyti numatytuosius slaptažodžius. Gali būti įtraukti papildomi saugos ir slaptažodžių valdikliai, pvz., programos, kurios nuskaito slaptažodžius, kad surastų silpnus ar pažeistus ir siunčia pranešimą administratoriui.
Buvo sukurta daug įrankių ir programų, leidžiančių kurti atsargines duomenų kopijas ir atkurti sistemos duomenis. Tokia sistemos administratoriaus programinė įranga gali greitai sukurti atkūrimo diską arba visą disko vaizdą kaip atsarginę kopiją. Įprastas programas, pvz., antivirusinę programinę įrangą ir šiukšlių filtrus, taip pat naudoja administratoriai, kad užtikrintų kompiuterių, kurie yra tinklo dalis, saugumą. Šio tipo sistemos administratoriaus programinė įranga gali būti panaši į paprastesnes apsauginių programų versijas, tačiau vienu metu gali nuskaityti daugybę sistemų ir kartu perduoti informaciją apie jas.
Taip pat yra programų, skirtų tinklams, įskaitant vietinius, ir didesnius tinklus, kurie jungiasi prie interneto ir serverių už vietinės zonos ribų, nustatyti. Sistemos administratoriaus programinė įranga gali būti naudojama tinklo ryšiams patikrinti ir gaunamiems bei siunčiamiems duomenims peržiūrėti, kad būtų galima ieškoti atakų ar kenkėjiškos programinės įrangos tinkle rodiklių. Administratorius taip pat gali atlikti tinklo bandymus, vadinamus įsiskverbimo testais, ieškodamas jame terminalų ar prievadų, kurie gali būti pažeidžiami atakų. Kiti įrankiai gali būti naudojami didesniam saugumo patikrinimui, pvz., programos, kurios pradeda ataką prieš tinklą arba bando įsilaužti į slaptažodį.