Yra keletas šulinių vandens filtravimo tipų, skirtų įvairiems teršalams pašalinti. Skirtingi metodai gali pašalinti skirtingus priemaišų rinkinius, tačiau joks filtro tipas negali pašalinti visų galimų teršalų. Todėl prieš renkantis filtravimo sistemą svarbu žinoti, kokių medžiagų yra.
Viena iš dažniausiai pasitaikančių priežasčių valyti šulinių vandenį yra pašalinti geležį ir manganą, kurie dažnai iš aplinkinio dirvožemio ir uolienų patenka į požeminį vandenį. Geležis ir manganas, kurių lygis paprastai yra šulinių vandenyje, nekelia pavojaus sveikatai, tačiau per didelis kiekis gali suteikti vandeniui rausvai rudą atspalvį ir sutepti skalbinius, vonias ir kriaukles. Azoto ir sieros vandenilio kartais randama ir šulinių vandenyje. Vandenilio sulfidas sukelia kvapą, panašų į supuvusių kiaušinių kvapą, o per didelis nitratų kiekis gali sukelti methemoglobinemiją, paprastai vadinamą mėlynojo kūdikio liga. Šulinių vandens filtravimas paprastai nenaudojamas bakteriniam užteršimui, nes požeminiame vandenyje bakterijų koncentracija paprastai yra labai maža.
Kai kurios įprastos filtravimo medžiagos yra granuliuota aktyvuota anglis (GAC), mangano žalias smėlis ir BIRM. GAC yra apdorojamas taip, kad jai būtų suteiktas didelis paviršiaus plotas, dėl kurio jis pasižymi dideliu sugeriamumu. Jis gali sulaikyti įvairias teršalų daleles, įskaitant geležį, manganą, vandenilio sulfidą ir chlorą. GAC trūkumas yra tas, kad jį reikia reguliariai keisti.
Mangano žalumynas naudojamas pašalinti iš vandens geležį ir manganą. Glaukonitas, aktyvioji medžiaga mangano žalumoje ir terpėje, reaguoja su tirpia geležimi ir manganu, sudarydamas netirpias šių medžiagų versijas, kurios yra įstrigusios filtro medžiagoje. Mangano smėlis veikia didelėmis geležies ir mangano koncentracijomis ir visiškai pašalina teršalus. Norint, kad filtras veiktų tinkamai, paprastai reikalinga reguliari priežiūra.
BIRM yra dar viena filtrų medžiaga, daugiausia naudojama geležies ir mangano pašalinimui. Jis katalizuoja geležies arba mangano ir deguonies reakciją. Oksidacijos proceso metu susidaro netirpi geležis ir manganas, kurie vėliau sulaikomi filtro. Šio tipo šulinių vandens filtravimui taip pat reikia reguliariai prižiūrėti, kad būtų išvalyta filtravimo medžiaga.
Anijonų mainai ir jonų mainai, taip pat žinomi kaip vandens minkštinimas, yra du panašūs apdorojimo metodai, kuriais siekiama pašalinti skirtingus teršalus. Abu metodai pašalina teršalų daleles, kai vanduo praeina per įkrautą dervos sluoksnį. Jonų mainai naudoja neigiamo krūvio medžiagą teigiamai įkrautiems jonams, įskaitant geležį, manganą, kalcį ir magnį, užfiksuoti, o anijonų mainai naudoja teigiamai įkrautą dervą neigiamo krūvio jonams, įskaitant nitratus, sulfatus ir fluoridą, užfiksuoti. Abiejų tipų apdorojimas gali sukelti vandens ėsdinimą ir padidinti jame natrio kiekį.
Atvirkštinis osmosas (RO) yra šulinio vandens filtravimo metodas, kuriame naudojama selektyvi membrana. Slėgis naudojamas vandeniui išstumti per šią ploną medžiagą, paliekant teršalus vienoje pusėje, o grynesnis vanduo praeina. RO gali pašalinti įvairius teršalus, įskaitant geležį, manganą, nitratą, sulfatą, natrį, fluoridą, chloridą, sunkiuosius metalus ir kai kurias organines medžiagas. Kita vertus, atvirkštinis osmosas dažnai nėra tinkamas pasirinkimas buitinėms valymo sistemoms, nes RO įrenginiai yra brangūs ir jiems reikia daug vandens.