Vazektomijos šalutinis poveikis yra retas ir nekelia jokios grėsmės, o procedūra plačiai vertinama kaip ypač saugus ir patikimas gimstamumo kontrolės metodas. Kaip ir atliekant bet kurią chirurginę procedūrą, skausmas yra vienas iš galimų vazektomijos šalutinių poveikių, taip pat galimas uždegimas ir infekcija. Galimi ir kiti galimi vazektomijos šalutiniai poveikiai, tokie kaip lytinio potraukio sumažėjimas arba erekcijos sutrikimas, tačiau jie yra nedažni ir gydomi. Kai kuriems vyrams išsivysto imuninė reakcija į savo spermą, o tai gali turėti įtakos jų sveikatai. Tačiau sunkiausias vazektomijos šalutinis poveikis yra jo pastovumas; Skirtingai nuo kitų kontracepcijos metodų, vazektomija yra visą gyvenimą trunkanti priemonė ir nėra lengvai atšaukiama.
Pooperacinis skausmas yra labiausiai tikėtinas šalutinis poveikis. Per kelias dienas po operacijos pjūvio vieta bus skausminga. Šis skausmas turėtų susilpnėti per savaitę, o skausmui malšinti paprastai pakanka nereceptinių skausmą malšinančių vaistų.
Infekcija ir uždegimas taip pat yra galimas vazektomijos šalutinis poveikis. Tikėtinas nedidelis paraudimas ir patinimas, tačiau jei šie simptomai neišnyksta per savaitę arba kartu su karščiavimu, gali prireikti medicininės pagalbos. Vyrui taip pat gali išsivystyti granuloma – nedidelis nevėžinis gumbas, susidarantis dėl spermatozoidų nutekėjimo iš nupjautų kraujagyslių, kurie gali uždegti ir užkrėsti tą vietą. Jei įtariamas bet kuris iš šių vazektomijos šalutinių poveikių, rekomenduojama pasitarti su gydytoju.
Imuninės reakcijos į spermos ląsteles galimos po vazektomijos, kai kurie vyrai gamina antikūnus, nukreiptus prieš spermą. Tyrėjai išreiškė susirūpinimą, kad organizmo ataka prieš savo ląsteles gali sukelti kitas, galimai rimtas ligas, įskaitant artritą, aterosklerozę, širdies ligas, diabetą, išsėtinę sklerozę ir vėžį. Tyrimų rezultatai nebuvo įtikinami, ir nebuvo patvirtintas ryšys tarp šių būklių ir vazektomijos.
Kai kurie vyrai praneša apie seksualinio susidomėjimo sumažėjimą, o kai kurie praneša apie erekcijos disfunkciją po vazektomijos. Tačiau vazektomija neturi įtakos testosterono gamybos lygiui, taip pat neturi įtakos jautrumui ar jokiai fizinei funkcijai. Vazektomijos šalutinis poveikis, susijęs su lytiniu potraukiu ir erekcijos disfunkcija, paprastai yra emocinio pobūdžio, todėl gydymas gali būti veiksmingas sprendžiant šias problemas.
Vazektomijos nėra lengvai grįžtamos ir jas turėtų atlikti tik vyrai, kurie yra tikri, kad nenori turėti daugiau vaikų. Kai kuriais atvejais buvo bandoma pakeisti, tačiau procedūra nėra patikima. Kai kurie nusprendė laikyti spermą spermos banke, jei tik pasikeistų širdis, tačiau tai brangus pasirinkimas.
Nors vazektomijos siūlo labai patikimą kontracepciją, jos nesuteikia tokio pat apsaugos lygio, kurį siūlo kai kurie kiti metodai. Pavyzdžiui, vazektomija neapsaugo nuo lytiniu keliu plintančių ligų. Idealus kandidatas į vazektomiją yra monogaminis vyras, kuris su savo partnere nusprendė nebeturėti vaikų.