Yra keletas virškinimo sistemos fermentų tipų, kurių kiekvienas skirtas suskaidyti įvairioms maisto dalims, kurių galima rasti skirtinguose virškinimo sistemos taškuose. Pagrindinės fermentų kategorijos yra amilazė, lipazė, proteazė ir nukleazė. Burnos, skrandžio, plonosios žarnos ir kasos liaukos išskiria kai kuriuos arba visus iš jų, kai maistas teka virškinamuoju traktu, kad organizmas galėtų jį suskaidyti ir panaudoti. Didžioji dalis virškinimo fermentų yra kasos sultyse, tačiau jų yra ir seilėse bei skrandžio virškinimo sultyse.
Vienas iš pirmųjų fermentų, kurie pradeda virškinimo procesą, yra amilazė. Šio tipo fermentai yra skirti suskaidyti angliavandenius į paprastus cukrus, kuriuos organizmas gali apdoroti. Pirmiausia jį į burną išskiria seilių liaukos, kur jis pradeda virškinti maistą, pavyzdžiui, vaisius, daržoves ir pupeles. Tada kasa gamina daugiau amilazės ir siunčiama į plonąją žarną, kur ji ir toliau padeda skaidyti angliavandenius. Yra keletas amilazės subkategorijų, kurių kiekviena skirta apdoroti tam tikrų rūšių angliavandenius; pavyzdžiui, laktazė skaido pieno cukrų, o sacharozė – sudėtingus krakmolus ir cukrų.
Proteazė yra virškinimo sistemos fermentų grupė, skaidanti mėsoje, riešutuose ir sūriuose esančius baltymus. Skrandis ir kasa gamina proteazę, todėl baltymų perdirbimas prasideda toliau į virškinimo sistemą nei angliavandeniai. Baltymai turi būti suskaidyti į aminorūgštis, kurios yra būtinos visų ląstelių funkcionavimui. Pagrindinės proteazės rūšys, randamos žmogaus organizme, yra pepsinas ir peptidazė.
Kitas virškinimo sistemos fermentas yra lipazė. Lipazės funkcija yra suskaidyti riebalus, tokius kaip aliejuje, mėsoje ir piene. Kai kurios lipazės susidaro burnoje ir skrandyje, tačiau didžioji jos dalis gaunama iš kasos ir atlieka savo darbą plonojoje žarnoje. Čia jis veikia su tulžimi, kurią gamina kepenys, kuri emulsuoja dideles riebalų molekules, todėl jos tampa mažesnės, todėl lipazė gali ją toliau skaidyti į glicerolį ir riebalų rūgštis.
Kasa taip pat gamina galutinį virškinimo sistemos fermentų nukleazę. Šis fermentas yra skirtas suskaidyti nukleino rūgštis, tokias kaip DNR ir RNR. Jis atskiria ryšius tarp nukleotidų, kurie vėliau išskiria azotą ir paprastąjį cukrų.