Vienas iš labiausiai paplitusių virškinimo sistemos valymo būdų – kelių valandų ar kelių dienų badavimas. Kai kurios medžiagos, pavyzdžiui, aktyvuota anglis, taip pat gali būti nuryjamos, kad virškinamajame trakte pasisavintų toksinus ir kitas kenksmingas medžiagas. Apatinės virškinamojo trakto dalies valymui taip pat labai veiksmingos klizmos ir gaubtinės žarnos hidroterapijos procedūros. Tačiau vienas iš efektyviausių būdų palaikyti virškinamąjį traktą švarų ir tinkamai veikiantį yra sveikai subalansuota mityba, kurioje yra daug skaidulų.
Kieto maisto pašalinimas iš dietos arba badavimas dažnai yra vienas iš tinkamiausių virškinimo sistemos valymo būdų. Kietųjų atliekų nebuvimas virškinamajame trakte tariamai leidžia organizmui išplauti visus ten susikaupusius toksinus. Tačiau paprastai nerekomenduojama ilgai pasninkauti, o dauguma žmonių pasninkauja ne ilgiau kaip 12–24 valandas. Bandymas pasninkauti ilgiau nei kelias dienas gali būti pavojingas.
Pasninko metu žmogui paprastai patariama palaikyti hidrataciją geriant vandenį. Tačiau vaisių sulčių pasninkas taip pat gali būti naudojamas virškinimo sistemai išvalyti. Šio tipo pasninko metu žmogus dažniausiai geria tik vandenį ir vaisių sultis.
Virškinimo sistemos valymui taip pat gali būti naudojamos aktyvintos anglies ir bentonito molio tabletės. Nurijus, šie junginiai gali absorbuoti toksinus, tokius kaip sunkieji metalai ir pesticidai, ir pavojingus mikroorganizmus, esančius virškinimo trakte. Tada jie išsiskiria iš organizmo su išmatomis. Tačiau abu šie junginiai gali sukelti tam tikrą šalutinį poveikį, įskaitant vidurių užkietėjimą.
Kiti virškinamojo trakto valymo būdai – klizmos ir gaubtinės žarnos hidroterapijos procedūros. Tačiau šie metodai dažniausiai naudojami tik apatinei virškinamojo trakto daliai išvalyti. Klizma paprastai apima šilto vandens išspaudimą į tiesiąją žarną. Tai padeda pašalinti toksinus ir sukietėjusias išmatas iš organizmo.
Storosios žarnos hidroterapija kartais vadinama gaubtinės žarnos drėkinimu. Ši procedūra paprastai apima sterilios žarnos įkišimą į tiesiąją žarną ir apatinės žarnos plovimą šiltu vandeniu. Skirtingai nuo klizmos, kuri išvalo tik apatinę apatinės žarnos dalį, gaubtinės žarnos hidroterapija paprastai išvalo visą apatinę žarną.
Tačiau veiksmingiausias būdas išvalyti virškinimo sistemą ir užkirsti kelią toksinų kaupimuisi yra sveikai subalansuota mityba. Nereikėtų valgyti riebaus maisto ir rafinuoto cukraus arba bent jau valgyti saikingai. Žmogus taip pat turėtų būti įsitikinęs, kad gaus pakankamai skaidulų, reikalingų sveikai virškinimo sistemai ir reguliariam tuštinimuisi. Natūralūs skaidulų šaltiniai yra daržovės, vaisiai ir nesmulkinti grūdai.