Yra daugybė akvakultūros ūkių, auginančių įvairias žuvis, vėžiagyvius ir moliuskus. Taip pat yra akvakultūros ūkių, auginančių vandens augalus, pavyzdžiui, jūros dumblius. Daugeliu atvejų šie augalai ir gyvūnai yra skirti žmonių maistui, tačiau yra keletas išimčių. Pavyzdžiui, kai kurie akvakultūros ūkiai augina žuvis, skirtas naudoti akvariumuose. Šios žuvys dažnai vadinamos dekoratyvinėmis žuvimis.
Kai kurie iš labiausiai paplitusių akvakultūros ūkių yra žuvų ūkiai, austrių ūkiai ir krevečių ūkiai. Tokio tipo ūkiai gali naudoti daugybę būdų, kaip auginti savo gyvulius. Kai kuriais atvejais dauguma operacijų atliekamos sausumoje esančiose talpyklose ir įrenginiuose. Kiti naudojasi prie kranto esančiais įrenginiais. Tokiais atvejais ištekliai auginami natūralioje jūrinėje aplinkoje, kuri yra uždara arba kaip nors reguliuojama žvejybos.
Ūkiai, kurie naudoja natūralią jūrinę aplinką savo ištekliams auginti, o ne vien tik sausumoje, užsiima marikultūra. Ši praktika patenka į akvakultūros skėtį. Tokiuose ūkiuose nuimti produktai dažnai gaminami tais pačiais tikslais ir parduodami toms pačioms rinkoms kaip ir žemėje esančių ūkių produktai.
Kai ūkiai augina vandens augalus, jie dalyvauja procese, kuris vadinamas dumblių auginimu, kuris, kaip ir marikultūra, patenka į akvakultūros skėtį. Dumblių auginimo ūkiuose auginami produktai naudojami įvairiai. Tokiuose ūkiuose auginami dumbliai naudojami tiek komerciniais, tiek pramoniniais tikslais. Jis gali būti naudojamas įvairiems produktams, nuo maisto iki bioplastiko.
Akvaponijos ūkiai yra akvakultūros ūkiai, kuriuose integruotas augalų ir žuvų ar vėžiagyvių auginimas. Tokie ūkiai naudoja ciklinę sistemą, kurioje augalai ir vandens gyvūnai remiasi simbioziniu ryšiu. Pavyzdžiui, atliekas, kurias gamina tam tikros rūšies žuvys, tam tikros rūšies augalas gali išfiltruoti iš vandens. Be vandens filtravimo ir detoksikacijos žuvims, augalai taip pat naudojasi atliekomis, kad gautų maistines medžiagas. Tokie akvakultūros ūkiai dažnai labai efektyviai naudoja vandenį.