Į kelionių agentų mokesčius įeina mokesčiai, kuriuos moka ir vartotojai, ir patys kelionių agentai. Daugelis kelionių agentų ima iš klientų mokesčius, kad kompensuotų kelionių produktų, už kuriuos nemoka komisinio mokesčio, užsakymo išlaidas, taip pat kelionių tyrimų ar bendravimo su pardavėjais, siekiant susitarti dėl specialaus apgyvendinimo, laiką ir išlaidas. Be vartotojų mokesčių, kelionių agentai patys gali mokėti mokesčius kaip komisinius su priimančiomis agentūromis, priimančiosios agentūros narystės mokesčius arba franšizės mokesčius. Agentūros taip pat gali mokėti narystės ir kredito kortelių tvarkymo mokesčius profesionalioms kelionių organizacijoms.
Daugeliu atvejų kelionių agentas didžiąją dalį savo pajamų uždirbs iš komisinių, kuriuos mokės kelionių paslaugų pardavėjai, pavyzdžiui, viešbučiai ir kruizinės linijos. Tačiau kai kurie kelionių pardavėjai nemoka kelionių agentui komisinio mokesčio, jei jis ar ji užsisako kelionę savo kliento vardu. Kadangi tai yra potencialūs agento nuostoliai, daugelis iš vartotojų ima kelionių agento mokesčius už kiekvieną kelionių agento privalomą užsakymą. Pavyzdžiui, dauguma komercinių oro linijų daugiau nemoka kelionių agentams komisinių, todėl daugelis kelionių agentūrų dabar ima nedidelį mandagumo mokestį už kiekvieną užsakytą lėktuvo bilietą.
Tikimasi, kad daugelis vartotojų mokės kelionių agento mokesčius užsakydami labai sudėtingas kelionės paslaugas, ypač jei kelionių agentui reikia atlikti daug tyrimų. Kai kurie keliautojai renkasi aplankyti egzotiškas vietas arba planuoja ilgas keliones į kelias skirtingas vietas. Tokio tipo kelionėms gali prireikti profesionalaus kelionių agento pastangų nustatyti vizų reikalavimus, užsisakyti kokybišką apgyvendinimą ir pasirūpinti vietiniu transportu. Kadangi tam gali prireikti kelių valandų darbo, kai kurie kelionių agentai reikalaus, kad vartotojai sumokėtų kelionių agento mokesčius, kad būtų padengtas laikas, praleistas planuojant kelionę. Be to, gali būti tikimasi, kad klientai padengs visas kelionių agento patirtas išlaidas tyrimo ir užsakymo metu.
Iš kelionių agentūrų ir kelionių agentūrų taip pat gali būti reikalaujama mokėti įvairių rūšių mokesčius. Nepriklausomi kelionių agentai dažnai dirba su priimančia agentūra, kuri teikia technologinę pagalbą, prieigą prie kelionių pardavėjų ir atsakomybės draudimą atskiriems agentams. Agentai gali mokėti įvairius mokesčius priimančiai agentūrai, kad padengtų gaunamų paslaugų išlaidas. Iš šių agentų taip pat gali tekti padalyti komisinius su priimančia agentūra. Pačios agentūros gali pasirinkti dalyvauti įvairiose profesionalų sertifikavimo programose arba pasinaudoti kredito kortelių apdorojimo paslaugomis, kurias siūlo pramonės asociacijos. Abiem atvejais agentūra šias paslaugas teikiančiai organizacijai sumokės vieno ar kelių rūšių mokesčius.