Mikroskopai naudojami tiek klasėse, tiek atliekant svarbius vertinimus medicinos laboratorijose ir kitose mikrotechnologijose. Skirtingi tipai yra skirti šiems skirtingiems tikslams, todėl jie skirsis priklausomai nuo skiriamosios gebos, padidinimo, lauko gylio, matymo lauko, apšvietimo metodo, automatizavimo laipsnio ir sukuriamo vaizdo tipo. Iš esmės yra trys mikroskopo kategorijos: elektroninis, konfokalinis ir sudėtinis.
Elektroniniai mikroskopai yra itin sudėtingi didinimo įrenginiai. Jie naudojami archeologijoje, medicinoje ir geologijoje, norint apžiūrėti objektų, tokių kaip organai ir uolos, paviršius ir sluoksnius. Užuot naudoję šviesą, šie prietaisai nukreipia elektronų srautą į bandinį, o prijungti kompiuteriai analizuoja, kaip elektronai yra išsklaidomi medžiagoje. Mėginys turi būti pakabintas vakuuminėje kameroje.
Naudodamas perdavimo elektronų mikroskopus, mokslininkas mato 2-D objekto pjūvius skirtinguose gyliuose. Žinoma, naudojant tokius galingus instrumentus ir padidinimo laipsnis, ir raiška, arba vaizdo ryškumas, yra labai didelis. Skenuojantys elektroniniai mikroskopai šiek tiek skiriasi tuo, kad nuskaito paauksuotą pavyzdį, kad gautų 3D objekto paviršiaus vaizdą. Šis vaizdas yra nespalvotas, tačiau suteikia nuostabų, pavyzdžiui, mažų dinozauro kaulo kalvų ir slėnių vaizdą.
Konfokalinis mikroskopas yra žingsnis žemyn nuo ankstesnių tipų. Jis naudoja lazerio spindulį, kad apšviestų bandinį, kurio vaizdas vėliau skaitmeniniu būdu pagerinamas, kad jį būtų galima peržiūrėti kompiuterio monitoriuje. Mėginys dažnai dažomas ryškia spalva, todėl lazeriu gaunamas kontrastingesnis vaizdas. Jis montuojamas ant stiklinės skaidrės kaip ir vidurinės mokyklos biologijoje. Šie prietaisai valdomi automatiškai, o su automatiniu fokusavimu padeda motorizuoti veidrodėliai.
Paprasčiausi tipai randami klasėse visame pasaulyje: sudėtiniai mikroskopai. Jie yra visiškai valdomi rankomis ir naudoja įprastą saulės šviesą arba lemputę, kad apšviestų bandinį. Viskas, ką vartotojas nori žiūrėti, yra sumontuota tarp dviejų stiklelių ir nukirpta po pagrindiniu objektyvu, o vaizdui sufokusuoti naudoja ratuką. Šie įrankiai naudoja paprastą didinančių lęšių ir veidrodžių seriją, kad vaizdas būtų iki okuliaro, panašiai kaip teleskopas.
Sudėtiniai mikroskopai dažniausiai naudojami biologijoje. Jie suteikia 2-D objekto pjūvį, tačiau gali pasiekti pakankamai didelį padidinimą, kad pamatytų eukariotinių ląstelių dalis, plaukų sruogą ar tvenkinio nuosėdas. Deja, jie neturi puikios raiškos, todėl vaizdas gali būti neryškus. Stereoskopiniai mikroskopai, kaip rodo pavadinimas, suteikia trimatį padalintų elementų, pvz., raumenų audinio ar organo, vaizdą. Šiuo atveju padidinimas yra prastas, todėl žiūrovas negali išskirti atskirų langelių, tačiau skiriamoji geba gerokai pagerėjo.