Siekiant pagerinti tyrimų atlikimo būdą, naudojamos mokslinės darbo eigos. Labiausiai paplitę tipai yra skirti laboratorinėms, skaičiavimo ir duomenų analizės darbo eigoms. Daugelis institucijų kuria mokslines darbo eigas, siekdamos sumažinti klaidų, pagerinti rezultatus ir pagreitinti atradimą. Darbo eigos dažnai yra pritaikytos tam, kad veiktų tam tikriems tyrimams ir gali skirtis priklausomai nuo pramonės šakos ir duomenų, kuriuos reikia rinkti ir analizuoti, tipo.
Mokslinės laboratorijos darbo eigos gali apimti kelis operacijų aspektus. Daugelyje įstaigų yra tam tikros darbo eigos, skirtos mėginiui paruošti, kurį reikia išbandyti. Pavyzdžiui, ligoninės klinikoje gali būti tiksliai apibrėžtos paciento mėginio paėmimo, mėginio registravimo, jo sekimo skaitytuvu ir brūkšniniu kodu, saugojimo ir paruošimo tyrimui procedūros. Šiuo atveju mokslinė darbo eiga galėtų būti rašytinių procedūrų, kurių reikia laikytis, ir kompiuterinės programinės įrangos, sekančios mėginį nuo paėmimo iki tyrimo, derinys. Informacija apie mėginio būseną dažnai pateikiama žiniatinklio portale, kad būtų lengva pasiekti. Laboratorijos operacijose taip pat naudojamos darbo eigos, padedančios užtikrinti, kad būtų prieinamos reikiamos medžiagos, pvz., cheminiai reagentai, reikalingi bandymui atlikti, yra sandėlyje ir pasiekiami atliekant eksperimentą.
Kita laboratorijos mokslinio darbo eigos forma yra susijusi su tikrojo eksperimento atlikimu. Pavyzdžiui, tyrėjas gali norėti nufotografuoti tam tikrą dangaus regioną arba nustatyti tam tikros ląstelės DNR seką. Bet kuriuo atveju darbo eiga diktuotų veiksmus, kurių tyrėjas atliks, kad užbaigtų stebėjimą. Pavyzdžiui, astronomai turėtų gauti regiono, kurį jie nori tirti, koordinates, įvesti tuos duomenis į teleskopo sekimo sistemą ir pastatyti skaitmeninę kamerą, kad užfiksuotų vaizdą. Tokias darbo eigas institucija galėtų naudoti, kad suplanuotų specialios įrangos laiką, kad būtų užtikrintas optimalus tos įrangos naudojimas.
Šiandien daug tyrimų atliekama naudojant kompiuterinį modeliavimą ir modeliavimą. Šio tipo tyrimų mokslinės darbo eigos gali apimti programos kūrimo, trikčių šalinimo ir šių skaičiavimo užduočių pateikimo bei vykdymo procedūras. Daugelyje laboratorijų tyrėjas gali pateikti darbą internete į skaičiavimo centrą. Tada darbai automatiškai suplanuojami atsižvelgiant į įvairius veiksnius, įskaitant prioriteto lygį, turimus išteklius ir darbo trukmę. Daugeliu atvejų informaciją apie darbo būseną galima rasti internete, todėl tie, kurie pateikė užduotį, gali greitai patikrinti jo būseną ir sužinoti, ar ji suplanuota vykdyti, vykdoma ar baigta.
Atlikus eksperimentą, atlikus laboratorinį tyrimą arba atlikus kompiuterinį modeliavimą, dažnai prireikia kitokio tipo mokslinės darbo eigos, kad būtų galima analizuoti surinktus duomenis. Dažnai pirmasis tokios mokslinės analizės darbo eigos žingsnis yra duomenų ištraukimas iš konkrečios duomenų bazės, failo ar svetainės. Tada duomenys turi būti pateikti tinkamu formatu. Tai gali būti kažkas tokio paprasto, kaip temperatūros rodmenų Farenheito konvertavimas į Celsijų arba atstumo matavimas nuo pėdų iki mylių. Tada duomenys atliekami atliekant analizės tvarką ir gali tekti palyginti su kitais duomenimis. Tada galutiniai rezultatai pateikiami tyrėjui, dažniausiai ataskaitos, failo arba vaizdinio ekrano forma.
Visų šių tipų mokslinių darbo eigų nauda yra ta, kad tyrimai turi standartizuotus būdus, kaip atlikti savo darbą. Kai kuriais atvejais kai kuriems darbo eigos veiksmams gali būti taikomas automatizavimas. Automatizavimas padeda atleisti tyrėjo darbą ir pagreitinti procesą.