Yra trys svarbios skirtingos pirštų atspaudų sistemos. Viena iš jų yra sistema, naudojama pirštų atspaudams rinkti ir apdoroti. Antrasis yra sistemos tipas, leidžiantis identifikuoti pirštų atspaudus, kurių savininkas nėra žinomas. Trečioji yra tokia sistema, kuri riboja arba riboja prieigą prie tam tikros vietos, mašinos ar informacijos rinkinio, remiantis tapatybe. Tačiau ketvirtoji rinkinio rūšis yra pirštų atspaudų atpažinimo rinkinio vaikams versija, skirta pradedantiesiems mokslininkams išbandyti teismo ekspertizę.
Ilgą laiką pagrindinė pirštų atspaudų sistemos dalis, skirta pirštų atspaudams rinkti, buvo rašalo kilimėlis. Neseniai pradėtos naudoti rašalo neturinčios sistemos. Tokio tipo sistema daugiausia naudojama ieškantiems darbo, licencijų ir leidimų, imigracijos ir įtariamųjų registravimo. Sistemos paprastai yra pagamintos pagal bent vieną iš pirminių pirštų atspaudų identifikavimo sistemų specifikacijų, kad jas būtų galima naudoti kartu. Be to, sistemos paprastai yra įtrauktos į patvaraus plastiko rinkinį su rankena, todėl jį lengva nešiotis.
Antrojo tipo pirštų atspaudų sistema bando suderinti vieną ar kelis pirštų atspaudus, surinktus naudojant surinkimo rinkinį arba paimtus iš nusikaltimo vietos, su pirštų atspaudų identifikavimo įrašų rinkiniu, saugomu duomenų bazėje. Kadangi šiose duomenų bazėse yra asmenų fizinių savybių matavimai, jos vadinamos biometrinėmis duomenų bazėmis.
Dvi svarbios duomenų bazės, atliekančios šią funkciją JAV, yra integruota automatizuota pirštų atspaudų identifikavimo sistema (IAFIS) ir naujos kartos automatinė biometrinė identifikavimo sistema (ABIS) (NGA). IAFIS yra nacionalinė duomenų bazė, apimanti ne tik pirštų atspaudų duomenis, bet ir kriminalinę istoriją. Jį prižiūri Federalinio tyrimų biuro (FTB) Baudžiamosios justicijos informacijos paslaugų skyrius (CJIS). Valstybės gali turėti savo AFIS diegimą. Kitos šalys taip pat turi savo sistemas. ABIS, sukurta veikti sinchroniškai su IAFIS, yra Gynybos departamento (DoD) projektas, kurį sukūrė, sukūrė ir prižiūri „Lockheed Martin Corporation“.
Pirštų atspaudų sistema gali būti naudojama saugumui įvairiose situacijose. Elektroniniai pirštų atspaudų skaitytuvai gali būti naudojami kompiuteriams apsaugoti, taip pat prieigai prie patalpų, konkrečių patalpų patalpose ar transporto priemonėse. Iš dalies dėl to, kad tokiomis sistemomis buvo piktnaudžiaujama, dabar naudojami variantai. Vienas variantas – kiekvienam asmeniui išduodamas asmeninis įrenginys, kuris nešiojamas ir naudojamas jo savininko tapatybei patikrinti. Rankų geometrija, tinklainės ir rainelės skenavimas, balso analizė ir veido atpažinimas konkuruoja su pirštų atspaudų sistemomis, o rainelės skaitytuvai laikomi geresniais už visus kitus, išskyrus tinklainės nuskaitymus, kurie laikomi geriausiais.