Sprendimų palaikymo sistema (DSS) padeda žmonėms priimti sprendimą, suteikdama žmonėms tinkamą informaciją ir siūlomą atsakymą; nors tai gali būti naudinga, yra keletas trūkumų. Vienas iš sprendimų palaikymo sistemų trūkumų yra tas, kad jos gali neleisti vartotojui mąstyti ir skatinti pažintinį šališkumą. Vartotojai gali gauti informacijos pertekliaus, o tai sumažina sprendimų priėmimo efektyvumą. Jei sprendimas bus neteisingas, kai kurie vartotojai gali perkelti atsakomybę ant DSS, o ne kaltinti save. DSS programos, neturinčios pakankamai duomenų, taip pat gali priimti netinkamus sprendimus, nes jos nevisiškai supranta situaciją.
Dauguma DSS vartotojų yra profesionalūs vadovai arba sprendimų priėmėjai, kurie yra išmokyti nepasikliauti DSS programomis, nes programa skirta tik padėti priimti sprendimą. Kai kurie vartotojai gali būti linkę labai pasitikėti DSS, nes kompiuteris gali žiūrėti į faktus be šališkumo. Tai gali būti padaryta iki kraštutinumo, o vartotojai gali nustoti galvoti, o pasirinkti pasitikėti tik kompiuteriu. Nors tai yra vienas iš sprendimų palaikymo sistemų trūkumų, kitas yra tas, kad vartotojai gali sukurti pažinimo paklaidas. Pavyzdžiui, intuityvus ir įžvalgus mąstytojas, sąveikaujantis su DSS, gali tapti pernelyg smerkiantis ir realus.
Kai vartotojai ieško sprendimo iš DSS, programa dažnai pateikia vartotojams informaciją duomenų bazėse ir diagramose, kad padėtų priimti sprendimą. Paprastai, jei informacija yra lengvai įsisavinama, tai padės vartotojams priimti pagrįstus sprendimus, nes jie žinos visus faktus ir duomenis, saugomus DSS duomenų bazėje. Tuo pačiu metu informacijos perteklius gali būti vienas iš sprendimų paramos sistemų trūkumų. Jei DSS teikia dideles duomenų bazes, kurias perskaityti reikia valandų ar dienų, tada vartotojai praleidžia daugiau laiko ieškodami faktų ir bandydami atsiminti visą informaciją, užuot priimdami sprendimą. Be informacijos pertekliaus, tai gali sumažinti sprendimų priėmimo efektyvumą.
Be DSS žmogus, priėmęs neteisingą sprendimą, gali kaltinti tik save; tai paprastai verčia žmogų suprasti, kas priimdamas sprendimą buvo negerai, todėl ateityje jis gali geriau pažvelgti į panašią situaciją. DSS programos gali kompensuoti šią atsakomybę, ypač jei vartotojas neįprastai pasitiki programa. Užuot priskiręs kaltę sau, vartotojas gali kaltinti DSS. Asmeninis augimas, kuris galėjo įvykti supratus prastą sprendimą, gali paskatinti vartotoją išmokti kaltinti kompiuterį dėl bet kokių sprendimų priėmimo trūkumų.
Kaip ir žmonėms, DSS reikia informacijos, kad būtų galima priimti tikslius ir pagrįstus sprendimus. Jei DSS yra naujas arba turi mažą arba netikslią duomenų bazę, ji gali būti netiksli. Jei DSS neturi visos konkrečios informacijos, reikalingos sprendimui priimti, sistema neturėtų būti visiškai pasitikima, nes bet kokie sprendimai ar pasiūlymai gali būti labai klaidingi. Tai tampa dar vienu iš pagrindinių sprendimų paramos sistemų trūkumų.