Yra keletas pagrindinių privalumų ir trūkumų naudojant antibiotikų stafilokokines infekcijas, kurios gali būti skirtingo sunkumo ir pakeliamumo. Pagrindiniai privalumai yra veiksmingas gydymas ir saugumas, o pagrindiniai trūkumai – potencialios antibiotikams atsparios bakterijos, tokios kaip meticilinui atsparus Staphylococcus aureus (MRSA), taip pat šalutinis antibiotikų poveikis. Prieš pradėdami gydyti stafilokokinę infekciją, asmenys turėtų pasitarti su savo gydytojais.
Daugelis stafilokokinių bakterijų antibiotikų buvo sėkmingai naudojami infekcijoms gydyti. Esant nedidelėms staph infekcijoms, pvz., odos infekcijoms, bus paskirtas paprastas kremas, kuriame yra trys pagrindiniai antibiotikai. Sunkesnėms infekcijoms gydyti stafilokokams reikės intraveninių (IV) antibiotikų. Kai kurios stafilokoko formos yra atsparios antibiotikams, tačiau šis gydymo kursas buvo neįtikėtinai veiksmingas tam tikroms padermėms, kurių kiti gydymo būdai buvo nesėkmingi. Staph antibiotikai yra tinkami norint sustabdyti infekcijos augimą, kol ji dar nespėjo išplisti ar tapti sunkesnė.
Vienas iš pagrindinių stafilokokinės infekcijos gydymo antibiotikais trūkumų yra didėjantis antibiotikams atsparių bakterijų skaičius. Nors penicilinas buvo labiausiai paplitęs stafilokokinių infekcijų gydymo būdas, nuo devintojo dešimtmečio bakterijos vis labiau atsparios šiam antibiotikui, todėl reikia stipresnių vaistų. Maždaug 1980% staph infekcijų dabar yra atsparios standartiniams gydymui naudojamiems antibiotikams. Dėl plačiai paplitusio antibiotikų vartojimo visuomenėje, ne tik gydant stafilokokines infekcijas, labai padaugėjo antibiotikams atsparių bakterijų.
MRSA infekcijos taip pat yra antibiotikų vartojimo stafilokokams trūkumas, nes jie nereaguoja į šį gydymo metodą. Pagrindiniai antibiotikai, tokie kaip penicilinas, oksacilinas, amoksicilinas, meticilinas ir vanomicinas, neišgydo MRSA infekcijos. Dėl to šioms sunkioms infekcijoms gydyti reikia daug stipresnių antibiotikų, dėl kurių gali padidėti nepageidaujamas šalutinis poveikis, kurį patiria pacientai.
Šalutinis antibiotikų poveikis yra dar vienas šio stafilokokinės infekcijos gydymo metodo trūkumas. Pykinimas, vėmimas, viduriavimas ir skrandžio sutrikimas yra vienas iš dažniausių antibiotikų, skirtų stafilokokui, šalutinis poveikis. Kai kuriems pacientams taip pat gali pasireikšti sunkių alerginių reakcijų dėl gydymo antibiotikais, įskaitant dilgėlinę, niežėjimą, galvos svaigimą ir alpimą, dusulį arba baltų dėmių atsiradimą ant liežuvio. Kai kurių antibiotikų negalima derinti su kitais vaistais, pvz., hormoninėmis kontraceptinėmis tabletėmis, taip pat jų negalima vartoti nėštumo metu ar vartojant alkoholį. Šios kontraindikacijos gali kelti pavojų sveikatai, dėl kurio kai kurie pacientai, sergantys stafilokokine infekcija, nevartotų antibiotikų.