Veiklos auditas paprastai susideda iš šešių etapų: nuo parengiamojo darbo, pokalbių vedimo ir dokumentų rinkimo iki galutinės rašytinės ataskaitos pateikimo. Auditas turėtų būti pritaikytas, kad atitiktų specifinius įmonės poreikius, todėl standartiniai veiksmai gali būti tik gairės. Vadovybė ir jos vidaus bei išorės auditoriai pritaikys procesą, kad atitiktų konkrečius įmonės tikslus ir uždavinius.
Veiklos auditas – tai įmonės vidinių procesų peržiūra. Jos tikslai yra nustatyti, ar įmonės ištekliai naudojami efektyviai, ir nustatyti būdus, kaip pagerinti sistemas. Peržiūra apima įvairias užduotis, tokias kaip finansų kontrolė, įrangos būklė ir žmogiškųjų išteklių paskirstymas. Didesnėse įmonėse paprastai yra vidaus audito skyrius, kuris atliks veiklos auditą. Kai kurios įmonės pasitelks išorės konsultantus, kurie specializuojasi veiklos peržiūrose, kad atliktų auditą arba dirbs kartu su vidaus darbuotojais.
Pirmasis veiklos audito žingsnis yra būsimos peržiūros struktūrizavimas. Tam gali prireikti surengti susitikimą, kuriame būtų išdėstyti lūkesčiai ir atsakyta į klausimus apie procesą. Išorės auditorius naudos šį veiksmą, kad surinktų reikiamą informaciją apie įmonę ir nustatytų audito tikslus bei uždavinius. Šiuo įvadiniu žingsniu nustatoma peržiūros apimtis.
Antrasis ir trečiasis audito etapai yra vadovybės ir darbuotojų apklausos. Vadovai paprastai apklausiami norint gauti išsamios informacijos apie įmonės sistemas ir procedūras. Darbuotojai yra apklausiami ir stebimi jų darbo aplinkoje. Stebėjimas gali lemti svarbių įžvalgų apie veiklos trūkumus, kurie nebūtų akivaizdūs pokalbio metu.
Audito plano pateikimas paprastai yra ketvirtasis veiklos audito žingsnis. Audito planas yra rašytinė darbotvarkė, kurioje išsamiai aprašomi veiksmai, kurių įmonė turės atlikti, kad užbaigtų auditą. Jis yra pritaikytas ir pagrįstas informacija, kurią auditorius surinko atlikdamas ankstesnius veiksmus.
Penktas žingsnis yra tikrasis auditas. Auditorius įgyvendina audito planą, kuris paprastai apima įmonės produktyvumo ir pardavimo pastangų apžvalgą. Iš finansinės pusės jis vertina atsiskaitymo, pinigų srautų valdymo ir ataskaitų teikimo procesus. Į auditą paprastai įtraukiamos ir bendrovės rizikos valdymo procedūros. Veiklos auditas gali apimti šias sritis ir visas kitas, kurias, vadovybės nuomone, reikia trečiosios šalies įvertinimo.
Šeštajame etape auditorius parengia galutinę rašytinę ataskaitą. Jame išsamiai aprašomos jo išvados ir rekomendacijos. Ši ataskaita gali būti šimtų puslapių ilgio, atsižvelgiant į įmonės dydį ir veiklos sričių, kurios buvo įtrauktos į auditą, skaičių.