Nors naudojimasis viešuoju transportu gali būti puikus būdas sutaupyti pinigų keliaujant, jis taip pat turi keletą trūkumų, kuriuos keliautojai turėtų žinoti. Tai apima galimas grėsmes asmeniniam saugumui, tvarkaraščių sudarymo pažeidimus ir tai, kad kai kuriose bendruomenėse masinis tranzitas yra ribotas ir pasiekiamas nustatytomis valandomis. Keliautojai, kurie planuoja naudotis viešuoju transportu, turėtų skirti laiko susipažinti su lankomų vietų sistemomis, kad išvengtų sunkumų ir pavojų. Išankstinis tyrimas yra ypač svarbus tiems, kurie turi negalią, nes kai kurios viešojo transporto sistemos yra mažiau pritaikytos nei kitos.
Pirmiausia keliautojai turėtų svarstyti, ar jie iš tikrųjų gali pasiekti norimas vietas viešuoju transportu. Kai kuriose bendruomenėse maršrutai gali būti labai riboti, o tai gali būti didelis trūkumas keliautojams, kurie neturi alternatyvių būdų keliauti. Jei keliautojas aplanko vietą, kur pagrindinės lankytinos vietos ar apgyvendinimo galimybės nėra šalia viešojo transporto maršrutų, jam gali tekti pasiteirauti apie asmeninio transporto paslaugas, pavyzdžiui, taksi. Kitas aspektas yra tai, kad viešojo transporto paslaugos ne visada veikia vakaro, švenčių ar savaitgalio valandomis. Vėlgi, jei keliautojas apsistoja gana atokioje vietovėje, tai gali sukelti didelių sunkumų, nebent keliautojas gali užsitikrinti asmeninį transportą.
Daugeliui keliautojų reikšmingiausias viešojo transporto trūkumas yra galimybė būti užpultam ar apvogtam. Tais atvejais, kai keliautojai nėra susipažinę su tam tikros vietos papročiais ar kalba, jie gali būti ypač pažeidžiami dėl nusikaltėlių taikinių. Turistai gali norėti pasikalbėti su vietiniais gidais ar viešbučio darbuotojais apie įvairių viešojo transporto galimybių saugumą.
Nors ir mažiau rimta nei aprėpties trūkumas ar nusikalstamumo problema, kai kurių sistemų nepatikimumas išlieka vienu iš svarbesnių viešojo transporto trūkumų. Įvairių rūšių viešajame transporte gali sutrikti įranga, taip pat paslaugų teikimo sutrikimai dėl ekstremalių situacijų ir net darbo streikų. Dėl šių trikdžių gali kilti problemų turistams, kurie kruopščiai suplanavo savo dienos veiklą, tačiau pastebi, kad jie gerokai vėluoja dėl bėgių kelio tiesimo ar sugedusios transporto priemonės. Kai kuriais atvejais keliautojai gali išvengti problemų turinčių maršrutų patikrindami įvairių traukinių linijų ir autobusų maršrutų būseną stotyse ar internete.