Žuvys iš kitų gyvūnų iš esmės skiriasi prisitaikymu prie aplinkos, kuri, žinoma, yra vanduo. Žuvų fiziologija kai kuriais pagrindiniais būdais skiriasi nuo sausumoje gyvenančių gyvūnų fiziologijos. Pagrindiniai skirtumai yra tai, kaip žuvys kvėpuoja, gauna deguonies ir kaip jos juda vandenyje. Žuvys taip pat padarė kitus nuostabius fiziologinius savo aplinkos pakeitimus.
Kaip ir sausumos gyvūnams, žuvims išgyventi reikia deguonies. Problema ta, kad vandenyje yra tik du procentai ore esančio deguonies kiekio. Be to, vandeniui šylant deguonies lygis mažėja, o užterštame ar stovinčiame vandenyje taip pat mažiau deguonies.
Žuvys daugiausia deguonies gauna per žiaunas. Atidarydamos ir uždarydamos burną žuvys perkelia vandenį per savo žiaunas, kurios užpildytos tūkstančiais mažyčių kraujagyslių, kurios sugeria deguonį ir siunčia jį į kraują. Kai kurios žuvys gali paimti deguonį kitais būdais. Pavyzdžiui, tarponas – didelė sūraus vandens žuvis, gali išplaukti į paviršių ir prireikus pasisavinti šiek tiek papildomo deguonies. Plautinė žuvis turi žiaunas, tačiau daug deguonies gauna rydama orą, kuris užpildo maišelį, kuris yra šiek tiek panašus į plaučius, taigi ir jos pavadinimas.
Tai, kaip žuvys juda vandenyje, taip pat yra gana nepaprastas žuvų fiziologijos elementas. Kadangi vanduo yra tankus, žuvis turi būti labai stipri, kad galėtų juo judėti. Žuvys turi daug raumenų, leidžiančių joms plaukti. Pelekai taip pat leidžia žuvims judėti pirmyn ir atgal, o jų stiprios uodegos padeda jas varyti per vandenį. Dauguma žuvų turi septynis pelekus, bet kai kurios turi šešis ar aštuonis.
Plaukimo pūslė arba oro pūslė yra dar vienas svarbus žuvų fiziologijos elementas. Žuvys išlieka plūdurios ir juda aukštyn ir žemyn vandenyje, mažindamos arba padidindamos oro kiekį savo plaukimo pūslėse. Kai kurios žuvys garsui sustiprinti taip pat naudoja plaukimo pūslę.
Žuvų fiziologija prisitaikė prie aplinkos kitais svarbiais būdais. Dauguma žuvų turi apsauginį kalcio sluoksnį, kuris apsaugo žuvis nuo sužalojimų ir ligų. Kitas svarbus prisitaikymas yra susijęs su hidratacijos išlikimu ir tinkamo druskos balanso palaikymu, o tai yra ypatingas iššūkis sūraus vandens žuvims. Suvartoti per daug druskos nėra gerai, todėl sūraus vandens žuvys geria vandenį ir išskiria druską per šlapimą ir žiaunas. Gėlavandenės žuvys vandenį ima per žiaunas ir odą, o ne geria.