Galimos įvairios intubacijos komplikacijų. Jei pacientams reikia skubios pagalbos kvėpuojant, jie paprastai intubuojami į burną įkišant kvėpavimo vamzdelį, kuris vėliau patenka į trachėją; šis vamzdelis dažnai vadinamas endotrachėjiniu vamzdeliu. Po intubacijos ventiliatorius gali pumpuoti orą į plaučius ir iš jų. Intubacijos komplikacijų gali kilti dėl įvedimo proceso, nes vamzdelis gali pažeisti kvėpavimo ar virškinimo traktą. Intubuotiems pacientams yra didesnė infekcijų, tokių kaip pneumonija ir sinusitas, rizika, o ilgalaikis kvėpavimo palaikymas naudojant endotrachėjinį vamzdelį gali pakenkti kvėpavimo takams, todėl ateityje bus sunkiau kvėpuoti.
Pats vamzdelio įvedimas kartais gali pakenkti pacientui, kuriam atliekama ši procedūra. Retais atvejais vamzdelis gali pažeisti balso stygas, todėl pacientui išėmus iš ventiliatoriaus gali kilti kalbėjimo problemų. Kitais atvejais vamzdelis gali patekti į stemplę, o ne į trachėją, todėl stemplė gali plyšti. Dėl to gali prasidėti kraujavimas iš virškinimo trakto, o išėmus kvėpavimo vamzdelį gali atsirasti rijimo problemų.
Laikui bėgant ir netinkamai prižiūrint intubuotus pacientus, gali išsivystyti plaučių infekcija, vadinama pneumonija. Dažnai ši būklė, kuri yra viena iš intubacijos komplikacijų, vadinama su ventiliatoriumi susijusia pneumonija. Šio tipo infekcija išsivysto dėl to, kad intubuotų pacientų plaučiai yra mažiau apsaugoti nei žmonių, kurie kvėpuoja normaliai, nes oras pumpuojamas tiesiai į plaučius. Daug kartų šias infekcijas sunku gydyti, nes jas sukelia atsparios bakterijos, esančios ligoninėje.
Kita infekcinė intubacijos komplikacija yra sinusitas, būklė, kuriai būdingas sinusų uždegimas ir dirginimas. Šis šalutinis poveikis atsiranda dėl to, kad dėl endotrachėjinio vamzdelio buvimo sinuso ertmėje dažnai sutrinka drenažas. Pacientai gali turėti arba neturėti šios infekcijos simptomų. Tačiau tai kliniškai svarbu, nes sinusų ertmių infekcija gali sukelti karščiavimą. Norint nustatyti sinusitą, atliekami vaizdo tyrimai, tokie kaip kompiuterinė tomografija (KT).
Pacientai, kuriems reikia ilgesnį laiką būti ventiliatoriuje, gali patirti kitų intubacijos komplikacijų. Plastikinio vamzdelio buvimas nuo burnos iki plaučių gali pažeisti kremzlę, palaikančią kvėpavimo takus, sumažinant jos struktūrinį vientisumą. Įvairios kvėpavimo takų dalys, įskaitant trachėją, gali susiaurėti dėl vamzdelio buvimo. Dėl to pacientams gali pasireikšti švokštimas ir dusulys. Dėl šios priežasties pacientai, kuriems, kaip manoma, prireiks pagalbos kvėpuojant ilgiau nei savaitę, dažnai keičiami nuo intubacijos per burną į intubaciją per trachėją.