Indonezijoje yra daug rūšių, būdingų tropinei biologinei įvairovei. Indonezija yra didžiulis regionas ir šalis į šiaurę nuo Australijos ir į pietryčius nuo Pietryčių Azijos. Jį sudaro 17,508 800,000 salos, suskirstytos į salynus, iš kurių didžiausios yra Naujoji Gvinėja, Borneo, Sumatra, Sulavesiai, Floresas ir Timoras. Naujoji Gvinėja, Borneo ir Sumatra yra atitinkamai antra, trečia ir šešta pagal dydį pasaulio salos, bendrai apimančios daugiau nei XNUMX XNUMX kvadratinių mylių. Daugybės Indonezijos salų izoliacija prisideda prie jų biologinės įvairovės, nes kiekvienoje saloje įvairios rūšys skiriasi ir yra izoliuotos nuo žemyninių plėšrūnų.
Indonezijoje yra dvi pagrindinės zoogeografinės zonos: Sundaland vakaruose ir Wallacea rytuose. Juos skiria Wallace linija, įsivaizduojama linija, einančia tarp Borneo ir Sulavesio. Į vakarus nuo linijos aptinkamos daugiausia su Azija susijusios rūšys, rytuose – Australijos rūšys. Iš viso maždaug pusė Indonezijos yra negyvenama, daugiausia užima atogrąžų miškai.
Sundalande yra 381 vietinė žinduolių rūšis, iš kurių 173 yra endeminės. Ankstesniais ledynmečiais jūros lygis šioje vietovėje buvo pakankamai žemas, kad gyvūnai galėtų keliauti iš Azijos žemyninės dalies į salas. Taigi čia galima rasti tigrą, raganosį, dramblį ir leopardą. Garsiausios Indonezijos endeminės rūšys – orangutanai – aptinkami Borneo ir Sumatroje, kur jie sudaro dvi atskiras rūšis. Šios oranžinės beždžionės yra labai protingos įrankių naudotojos, tačiau joms kyla pavojus dėl žmogaus veiklos ir buveinių naikinimo. Gražųjį Sumatrano tigrą, mažiausią tigrų rūšį, galima rasti jonų dėmių virš salos, kur jo yra tik 500 individų.
Dar dvi Indonezijos endeminės rūšys yra Sumatrano ir Javos raganosiai, dvi rečiausios ir labiausiai nykstančios didžiųjų žinduolių rūšys pasaulyje. Jie jau seniai buvo medžiojami dėl ragų, kurie turi vertę kinų medicinoje. Yra tik apie 300 Sumatros raganosių ir tik 60 Javos raganosių. Norint užtikrinti, kad šios rūšys atkurtų savo populiacijas, reikės didelių apsaugos pastangų. Procesas gali trukti šimtmečius.
Kitos rūšys, būdingos Indonezijai, aptinkamos Wallacea regione, esančiame į rytus nuo Wallace linijos. Wallacea turi 126 endemines rūšis, įskaitant septynias makakų beždžionių rūšis, penkias tarsieres, anoa, retas buivolių porūšis, ir babirusą, į kiaulę panašus gyvūnas su dviem vingiais ragais. Naujosios Gvinėjos saloje yra rūšių, būdingų Indonezijai, pavyzdžiui, keistoji Goodfellow’s Tree-kengaroo, daugybė graužikų rūšių, kurių kai kurie pėdos ilgio, gražusis Papuanijos ragasnapis ir garsusis Komodo drakonas, didžiausias gyvas driežas. Kadangi vieninteliai vietiniai placentos žinduoliai yra šikšnosparniai ir pelės, kitos rūšys, pavyzdžiui, Komodo drakonas, įsisavino nišas, kurias kitu atveju būtų priėmusios didelės placentos.