Kaip ir su bet kokiu maistu, kuris iš esmės yra gryni riebalai, su margarinu vis dar kyla sveikatos problemų, ypač jei jo valgoma dideliais kiekiais. Viena didžiausių galimų problemų yra padidėjusi širdies ligų rizika. Daugelyje rūšių yra daug sočiųjų riebalų ir pavojingų transriebalų, kurie, kaip žinoma, mažina naudingo didelio tankio lipoproteinų (DTL) cholesterolio kiekį ir padidina kenksmingo tipo, žinomo kaip mažo tankio lipoproteinų (MTL), kiekį.
Kai sviestas dėl didelio sočiųjų riebalų ir cholesterolio kiekio tapo susijęs su pavojais sveikatai, pvz., širdies ligomis, daugelis žmonių ieškojo alternatyvos. Dažnai žmonės pereina prie margarino, kuriame dažnai nėra cholesterolio ir yra bent jau mažesnis sočiųjų riebalų kiekis nei svieste ir dažnai mažiau kalorijų. Priežastis, dėl kurios nėra cholesterolio, yra ta, kad margarinas gaminamas iš sustingusių augalinių riebalų, o ne iš gyvulinių šaltinių. Laikui bėgant sveikatos specialistai pradėjo pastebėti sveikatos problemas, tokias kaip padidėjusi rizika susirgti širdies ligomis asmenims, kurie taip pat vartojo margariną.
Mokslininkai išsiaiškino, kad su margarinu siejama širdies ligų rizika kyla dėl transriebalų rūgščių, dar žinomų kaip transriebalai. Šios medžiagos susidaro kietėjant augaliniam aliejui ir yra susijusios su keletu sveikatos problemų. Kietos lazdelės turi daug daugiau transriebalų nei minkštesnės užtepėlės. Įrodyta, kad transriebalai neigiamai veikia cholesterolio kiekį, pagrindinį širdies ligų rodiklį, nors margarine cholesterolio iš tikrųjų nėra. Transriebalai mažina gerojo DTL cholesterolio kiekį ir padidina žalingo MTL cholesterolio kiekį organizme.
Kitas veiksnys, prisidedantis prie širdies ligų rizikos, susijusios su margarinu, yra sočiųjų riebalų kiekis, randamas daugelyje prekių ženklų. Nors sočiųjų riebalų yra mažiau nei svieste, kai kuriuose margarino produktuose jų gali būti daug. Šių sveikatai kenksmingų medžiagų kiekiai gali labai skirtis priklausomai nuo gamintojo. Paprastai vartotojams naudinga ieškoti produktų, kuriuose yra mažai sočiųjų riebalų, ir nepamiršti jų vartoti saikingai.
Daugelis gamintojų iš savo produktų pašalino kuo daugiau transriebalų, o daugelis margarino rūšių dabar taip pat gaminami iš nesočiųjų riebalų, tokių kaip alyvuogių ar rapsų aliejus. Produktai su sumažintu sočiųjų riebalų kiekiu ir be transriebalų yra mažiau kenksmingi nei kiti, tačiau juos vis tiek reikėtų vartoti saikingai. Vartojant daug bet kokio riebaus maisto, gali padidėti tikimybė susirgti širdies ligomis, tačiau apsiribojant nedideliu nesočiųjų riebalų kiekiu, ši rizika sumažėja.