Internetiniai mažmenininkai susiduria su daugybe svarbių problemų, įskaitant daug tų pačių problemų, kaip ir dauguma įmonių, pavyzdžiui, teisinių, finansinių ir praktinių kliūčių. Taip pat yra keletas specifinių el. prekybos problemų, kurios būdingos tik internetiniams mažmenininkams.
Neabejotinai saugumas yra svarbiausia iš visų elektroninės prekybos problemų. Bet kuri svetainė, kuri priima mokėjimus internetu, turi moralinę ir teisinę atsakomybę padaryti viską, kas įmanoma, kad būtų apsaugota klientų kortelės informacija. Mažesnėms įmonėms gali būti lengviau naudotis išorine mokėjimų tvarkymo sistema. Tai reiškia, kad mokėjimo „išsiregistravimo“ metu klientas yra nukreipiamas į nepriklausomą įmonę, kuri patikrina jo kortelės duomenis ir atlieka mokėjimą. Tai mažmenininkui kainuos mokestį, paprastai komisinį mokestį, pagrįstą pardavimo kaina, tačiau gali sutaupyti streso ir rūpesčių.
Be to, internetiniai mažmenininkai turi ypač pasirūpinti, kad jų svetainė nebūtų užkrėsta virusais ir kita kenkėjiška programine įranga. Net jei tai nebūtinai yra mažmenininko kaltė, svetainė, kuri kenkia klientų kompiuteriams, gali pakenkti santykiams su klientais. Ypatinga rizikos sritis yra ta, kai svetainėje yra išorinių skelbimų ir filialų nuorodų, kurios gali būti užkratomos.
Pristatymas yra dar vienas svarbus klausimas. Jei internetinis mažmenininkas pasirenka nepatikimą pristatymo būdą, klientas greičiausiai bus atsakingas už jį, o ne į pristatymo įmonę. Mažmenininkai taip pat turi nuspręsti dėl pristatymo mokesčių politikos, kuri gali apimti nemokamą pristatymą, fiksuoto mokesčio, apmokestinimo pagal svorį arba faktinio pristatymo įmonei sumokėto mokesčio iš kliento apmokestinimą.
Viena iš mažiau žinomų el. prekybos problemų yra svetainės lankytojų su negalia problema. Atsižvelgiant į mažmenininko vietą, jiems gali būti taikomi įstatymai dėl diskriminacijos dėl negalios; tai daug labiau tikėtina el. prekybos svetainėje, o ne vien tik informacija pagrįstoje svetainėje. Taip pat svarbu, kad svetainė būtų kuo prieinamesnė. Tai apima įsitikinimą, kad svetainę galima pritaikyti pritaikymo neįgaliesiems technologija. Taip pat svarbu turėti teksto alternatyvas nuotraukoms ir grafiniam tekstui, pvz., Flash animacijai, kad turinį būtų galima tvarkyti naudojant ekrano skaitytuvo technologiją, skirtą silpnaregiams naudotojams.
Daugelis el. prekybos problemų kyla dėl to, kad internetiniai mažmenininkai parduoda prekes įvairiose valstijose ir net tarptautinėse linijose. Dėl to gali kilti sudėtingų situacijų, susijusių su mokesčių ir muitų surinkimu ir paskirstymu tiek mažmenininko, tiek pardavėjo jurisdikcijoje. Gali būti taikomi eksporto apribojimai, kurie neleidžia arba apriboja internetiniam mažmenininkui pristatyti prekes užsienio pirkėjams. Kai kurių produktų minimalus teisinis klientų amžius gali skirtis įvairiose valstijose ir šalyse.